星海18年,方舟阿格莱亚最后一次与其他方舟通信,之后与其余方舟失去联络。它们有可能信号被恒星阻挡,有可能距离太远失联,也有可能已被魔质侵蚀。从此阿格莱亚成为人类幸存者仅存的希望。星海22年,阿格莱亚遭遇一艘追来的小型魔质舰船。此时,人类根据对X物质的解析,以瑞芬克斯方程为理论基础,研制出了一些暗物质武器,成功地阻挡了这艘小型魔船。但阿格莱亚自身也遭受了极大损失。因此方舟评审会决定暂不回航,而是继续前进,一边积蓄力量发展武器,一边寻找其他希望。之后陆续击退零星先头部队,都以惨胜告终。星海28年,阿格莱亚到达一颗目标行星阿卡迪亚(Arcadia)。对此行星作简单探索后,发现这是另一处星际遗迹。在此遗迹中,也有X物质以休眠(或称为封印)的形式存在。不过这一次人类吸取了教训,没有贸然将其惊醒。在这个遗迹中,人类发现了“欧米加文本”,对其破译后了解到了关于X物质的详细资讯。——欧米加文本以五种外星文字写成,因而能够根据词频分析猜测出一些关键的文字含义,比如数字等。假设五种外星文字是同一段话的翻译(后证明正确),根据这个文本进行机器语言分析后,就了解了文本的意义。但是因为没有声音(我们甚至不知道外星人是否会发声),所以对一些专有名词只能根据人类语言随意命名。——五种语言中,四种属于被X物质所消灭的文明(仍有一些幸存者,但文明本身断绝了),最后一种属于一个被人类命名为“欧米加”的文明,位于埃里希姆(Elysium)星系,它们战胜了X物质,但无法将其消灭,而是将之封印在那些被侵染的原文明星球上。
——根据欧米加文本,了解了X物质的本质,以及应对方法。人类开发出了暗物质共轭相位武器,也学会了对星尘的利用,终于有了一定程度的自保之力。——欧米加文本描述地球所在的星域过去曾遭到X物质的侵蚀,许多文明被毁灭。这一区域(银河旋臂的一段)分布着不少外星遗迹,也因此被划为“封印X的监狱”。欧米加文明在这一区域周围设立了警告讯息,阻止其他文明进入。但未曾料到在这一片死寂的星域中,竟然又有新的文明顽强重现。根据阿格莱亚的推算,地球文明在魔质肆虐的时代,刚好处于6500万年前的生物大灭绝,因为小行星撞击和随之而来的冰河时期,地球生命活动降到极低,因而躲过了X物质的侵染。——人类所在的星域属于遗迹星域,这也解释了为何人类之前一直未能发现外星文明。(黑暗森林并非真的黑暗,而是因为其他的猎人都病死了。)——了解了欧米加文本所携带的信息后,阿格莱亚做出决定:沿着银河旋臂中的遗迹前进(这条路线被称为星之辉路),一路探索(人类的武器已经能够应对遗迹中被降低活性的X物质),并最终前往欧米加所在的埃里希姆。星海36年,阿格莱亚遭遇追击而来的魔质舰队第一波主力。它们的力量大大超出人类预期,虽然拥有了有效的武器(并且已经有一部分人类拥有了初步的星尘超能力),仍然造成了巨大的损失,甚至方舟都遭受重创,人口锐减。为了补足人口,启动了女娲计划,使用基因优化和克隆技术来有计划地制造人类。一开始数量较少,当技术成熟后就逐渐加快脚步。随之而来的就是一些新的社会问题,包括对这些新人类的不平等对待、新人类带来的人口低龄化现象、以及新人类本身的心理问题。星海44年,随着第一批新人类进入少年期,前述的一些问题开始暴露。为了对这些新人类进行培养,开始筹备建立星海学院。星海50年,星海学院建立。星海56年,第一批学生毕业,成为了抗击X舰队的中坚力量。星海64年,我们的游戏正式揭开序幕……