第二个故事本身已经非常圆满，却多了这两个颇为醒目的蛇足。实际上，它们也是刻意被保留下来的标签，用来提醒观众——第二个故事也并非真实——至少隐瞒了一部分真实。
这两个破绽，都与母亲有关。毫无疑问，第二个故事隐瞒的真实，就是母亲的下落，
前面我说过了，李安喜欢用各种比喻反复强化本喻关系。少年Pi和老虎是其中最醒目的一对，但还有一对本喻很容易被忽略。
母亲与莲花。
莲花与母亲之间的关系非常密切，在此之前已经有两次显著暗示。一次是在开头，母亲在地板上用粉笔画莲花给Pi和拉维看。一次是电影中段，Pi俯瞰海底，先是鱼形成莲花，然后又变成母亲的容貌（这里Pi父和拉维的脸都没出现，指向特别明显），最后叠加到了沉船。所以准确地说，莲花代表的是Pi对母亲的思念和爱。
与此同时，李安还特意安排了阿南蒂给Pi讲解舞蹈，引出一个关于莲花的重要比喻：林中莲花。
在Pi问阿南蒂林中莲花是什么意思时，她没有回答。直到我们进入整个电影最关键的一段情节：食人岛，才恍然大悟。
Pi在夜晚的林中摘下一朵莲花，打开以后，里面是一颗人牙。于是“林中莲花”这个比喻和指向，在这里得以完成。
我们知道，第一个故事是Pi的幻想。那么他在岛上的动作，肯定是对各种现实发生的投射。莲花是Pi对母亲的思念；莲花中的人牙，代表了母亲的遗骸，也即死亡。而母亲的躯体，实际上就是整个食人岛。
岛是母亲，而岛下涌起的酸潮，则是母亲的下场。
酸潮是一个意义异常清晰也异常恐怖的比喻。如果想表达母亲死亡的意象，有很多种办法，最简单的比如说潮水慢慢淹没岛屿，代表母亲的溺水；或者鲨鱼啃噬小岛的根茎，代表葬身鲨腹，等等……可李安选择的是一个非比寻常，几乎和海洋没有一点关系的比喻：酸。
这个酸，自然就是人的胃酸。酸潮扑上小岛，这个意象表明母亲是被吃掉的，被胃酸所消化，所以遗骸的代表物是牙齿。
Pi在岛上吃了植物根茎，老虎吃了狐獴，这是食母的暗喻。有一种说法认为，根茎和狐獴代表尸体的肌肉纤维和蛆虫，代表了吃人，这两个比喻在电影里找不到可参照的点。李安如果要设一个比喻，一定不会只设一次，一定会重复多次，或者找另外一个参照点，所以这个猜想是否成立，需不需要影射到如此细致，有待商榷。但食母是确凿无疑的。
之所以这么说，是因为食母之前已经预演过一次。
Pi是个素食主义者，他第一次抓到一条大鱼，一边大哭一边用锤子把它砸死。砸死以后，Pi跪倒在筏子上，哭着对鱼的尸体说：“毗湿奴，谢谢你化身为鱼来救我。”他这么做，是因为自己面临着饥馑危机，理性告诉他只能吃鱼渡日，为了能够达成心灵妥协，Pi必须在信仰里找了一个借口。基督教和伊斯兰教关于道德的教义太过鲜明，没办法利用，于是Pi只能选择毗湿奴作为理由。这也从一个侧面反应出Pi的宗教观。
于是，鱼成了毗湿奴的化身，Pi有了一个可接受的理由，内心回归平静。
这次吃鱼事件非常重要，承前启后。
往前看，它与晚餐谈话相对照。父亲在晚餐时说了句话：“今天的羊肉很美味，可惜你们享受不了。”说明父亲是家里唯一一个肉食者，他代表着理性，理性是要吃肉的。母亲则告诉Pi，理性可以解决外在，信仰可以解决内在。这一点是食鱼事件里也得到体现，Pi理性地杀鱼吃肉，然后用信仰给自己内心找了个避难所，一个借口。这个很变通甚至有点狡猾的举动，与Pi在餐桌上轻松地说“我决定去受洗”的精神是一脉相承。
往后看，母亲就是鱼。鱼是毗湿奴所化，那么母亲也一定是毗湿奴Pi来的。Pi吃鱼是因为这是毗湿奴的化身，Pi吃母亲也是因为她是毗湿奴的化身。一个化成鱼，一个化成了海盗。食鱼事件就是食母事件的预演。
宗教变成了Pi的心灵庇护所，他给自己构筑了一个坚固的壳。对Pi来说，基督教和伊斯兰教的教义太过清晰，对善恶的道德评判太过清晰，他唯一能选择的——同时也恰好是她母亲所信仰的——只有印度教。只有毗湿奴的神话特性，才能为Pi食母构造出一个合理的借口。
李安唯恐观众还搞不清楚这个比喻，还特意给出一个岛的轮廓特写。有人说这是毗湿奴的侧影，有人说这是一个女人，都没错。这个轮廓本来就兼具了母亲与毗湿奴两种特性。莲花是毗湿奴的象征，而母亲信仰的是印度教，毗湿奴的神话就是她讲给小Pi听的。从这个特写镜头，母亲-莲花-毗湿奴这三个元素的连接，得到了一次明白无误的强化。
这就是为什么岛的轮廓既像毗湿奴，又像是母亲，Pi为了给自己的食母寻找了个宗教理由，早视它们为一体了。
在这之前，Pi应该已经做过类似的事情。在幻想层面，鬣狗杀死了猩猩，老虎杀死了鬣狗，但很快鬣狗、斑马和猩猩的尸体全都消失了，全都被老虎吃掉了。投射到现实层面，厨师杀了母亲，Pi杀了厨师。然后面临饥馑的Pi吃掉了水手的剩余部分和厨师，最后把目光投向了自己母亲的尸体。
食人是一回事，食自己的母亲又是另外一回事。Pi在吃水手和厨师时还能保持正常——食鱼事件里，Pi杀死了鱼自己却没吃，而是喂了老虎，表明他把吃人归咎为自己的兽性，自己的人性还保持着清醒——但面对自己母亲，他内心的惊慌和挣扎可想而知。
在登岛之前，故事一里有一场惊天动力的大风暴，老虎在瑟瑟发抖，Pi在呼天抢地。开始时Pi还呼叫着神明，但很快就放弃了。这说明他的人性和兽性同时遭遇大了现实中的大挫折，这挫折可能是真正的风暴，也可能是其他灾难，总之造成的结果是食物匮乏至极，陷入极度的饥饿。唯一的食物，只有母亲。
吃了，自己心理绝对无法接受；不吃，一定会饿死。
可这场危机太过强烈，于是Pi的人性和兽性不得不暂时达成统一，或者说妥协，把母亲当成毗湿奴的化身，重演吃鱼时的故事，并且构造出一个毗湿奴食人岛的幻象。正如电影开头讲述的，到了夜晚，我们都生活在毗湿奴的梦里。
然后，在幻想层面，人与虎同时登岛，Pi吃了植物根茎，老虎吃了狐獴。不知大家还记得不记得，当Pi告别阿南蒂的时候，阿南蒂给他手腕系了绳子，代表了与最爱之人的告别。再回想起Pi一登岛便在岛上系了一段绳子，便会豁然开朗。Pi是在告别，与母亲告别，因为他即将要吃掉她。
到了夜晚，酸潮涌动，莲花里只残存一颗牙齿。等到Pi夜晚打开莲花看到人牙时，林中莲花的暗喻发挥了作用，他的理性之火终于觉醒，意识到自己做下的极恐怖的事。
Pi自己说担心被食人岛吞噬，才决定离开，实际上担心的是食母这件事吞噬掉他的精神，让他疯掉，乃至死亡。所以他选择了逃离这个岛，也就选择了忘记。这同样也在阿南蒂的情节里得到了呼应：“我记得那一天发生的每一件事情，但是却忘记了是如何告别的。”
结果Pi把这件事彻底忘掉了。他给保险员讲述第二个故事时，只讲到自己暗示吃了厨师，就停止了。他不是刻意隐瞒，而是自己也忘了，唯一残留的记忆，只有他自己编造出来保留在第一个故事里的食人岛。
阿南蒂的情节在整个电影里地位独特。如果把她的戏单独抽出看，根本没有任何意义，这段情节跟后面一点关系也没有，这女人也再没出现过。但李安从来不做无用功，他加入阿南蒂的戏，正是为了给后面食人岛的一系列活动建立比喻的对照系。
系绳子、忘记告别、林中莲花，这些都是食人岛中的重要暗喻，同时又与阿南蒂的故事要素全部照合。没有阿南蒂的故事，食人岛的行为就会让观众觉得不知所云。没有食人岛，阿南蒂则变得毫无意义。两者实际上是一个彼此呼应的隐喻体系的两端。
这就是充斥于细节中的各式隐喻所构筑出的第三个，也是真正的故事。
李安把第一个故事描绘的极为精美，对第二个故事却吝啬到一个镜头都没有，对第三个故事甚至只肯用隐喻来承载。他把现实包裹在美好的糖衣之内，又在现实里放入残酷夹心，递给大家。作家和保险公司相信了第一个故事，Pi本人相信的是第二个，为了强化自己的信念，他甚至还多信了一个犹太教。至于观众愿意剥开几层糖纸，则取决于他们自己。
李安用这种极度不均衡的手法，把选择权出让给观众。他打开了许多条路，每一条都没有设置终点。《盗梦空间》里，陀螺是旋转还是倒下，主角究竟是在梦里还是现实，观众可以予以猜测解读，也可以随时出戏，起身走人，归根到底这是主角自己的问题，观众们是无关的客观者。但观众们在看少年Pi的时候，不得不面临一个问题：我究竟该相信哪一个故事。这个选择权不再取决于故事的解读，而是取决于观众的内心。宗教者从中看到信仰的力量，无神论者从中看到对宗教的否定与稀释，心灵纯净者与疲惫于现实都市的人倾向于相信第一个故事，而内心黑暗的悲观主义者，则对背后隐藏的真相不寒而栗。
当李安在采访时被问起关于第二个故事，他的回答避重就轻，说故事拍完就交给观众了，这是个聪明的做法，他放弃了最权威的导演阐释权，让观众保持争论。莫衷一是是电影保持长久魅力的不二法门。所以我们不必奢望从他那里得到明确的答案，相信自己的本心就好。
