研究方法宏基因组学的研究过程一般包括以下步骤：
1. 样品的收集与处理：从特定环境收集样品，并进行适当的处理以便于DNA的提取。
2. DNA的提取：从环境样品中提取总基因组DNA，这一步是宏基因组文库构建的关键。
3. 宏基因组文库的构建：将提取的DNA克隆到合适的载体中，导入宿主菌体。
4. 目的基因的筛选：通过功能筛选或序列筛选的方法，从宏基因组文库中筛选出目的基因。
5. 测序与数据分析：利用高通量测序技术对宏基因组文库进行测序，并通过生物信息学方法进行数据分析，以了解微生物的遗传多样性、种群结构及其演变规律等。
数据分析方法宏基因组数据分析通常包括以下几种方法：
1. 基于测序结果进行组装的分析方法：通过组装短读长或长读长序列，构建完整的基因组或基因序列。
2. 基于reads直接和已知数据库进行比对的方法：将测序得到的reads与已知的基因数据库进行比对，以确定微生物的种类和功能。
3. 基于分箱bin的方法：将宏基因组数据分箱，以区分不同微生物的基因组。