我的猜想是 时空错乱 平行时空 神器碎片有自己的意识 那些教徒碰不到（触碰碎片的金骨架）神器的主人就是地下飞船驾驶员 被恶魔困死了 神器就引导主角这个平行时空同位体来继承神器 至于立方体里看到的星球估计就是恶魔的母星 神器原主人乘坐立方体到处跑 一不小心跑到恶魔窝 被追杀至死

这游戏没热度了，还不如森林1，制作组也不更新了

P先生的公司在政府竞价中买到了这个岛，他的目的是开采索菲拉矿石，顺便搞搞旅游业，但是撒哈拉公司想在岛上搞活体研究（一代剧情），所以就让张建宇带人去杀所有人。P先生公司和岛上失联了，于是派三位专家去岛上看看怎么个事，提米父子是其中两位，玩家是第三位，可以调动P先生公司的一切资源，但是直升机飞着飞着就被张建宇打下来了。后来张建宇留在岛上还不走可能就是单纯想知道盒子里倒计时结束会发生什么，提米把玩家拽进去是知道空间交叠的时候离盒子越近变异越严重，把你拖进去是救你。

鞋教徒认为外星人是上帝（也不一定是外星人，可能是未来的人类，反正据说解包那个看着很科技的城市是有建模的），有一些鞋教徒是自杀的，有录像，这个我理解是因为舍弃肉身才能去上帝所在的地方？岛本来是个机密的地方，大家都不知道鞋教徒是怎么得知的，总之他们硬闯上岛，所以张建宇杀他们。

一代剧情里矿石会有起死回生的力量，但是大部分都是变成怪物，成功案例只有提米。P先生的目的是开矿，所以岛上有很多挖掘机，竞拍成功之后p先生的公司股价大涨，撒哈拉公司大跌。老婆毕竟是正面形象，岳父岳母应该也不差。撒哈拉公司在游戏里是媲美保护伞公司的坏毕，屠岛啥的都是他们干的，张建宇在p公司卧底了很久，久到p公司都注意到他了，于是拿变异药剂下到宴会饮食里，老婆没怎么吃所以只多了一只手脚丧失语言能力，其他人都被一锅端了。

我跟朋友们也觉得岛上金色建筑是古代外星人留下来的，有飞船就更说明不是地球人了，但是是未来的地球人也说不定。有一种说法是当盒子启动的时候，各个时间线会交叠汇聚，提米就是分裂出很多提米，门外的张建宇就是很多张建宇堆一堆，然后就成一个肉坨了。但是现在看来又不像，毕竟不是很有轮廓的身体堆叠。以后可能会更新新的洞，看看到时候有没有解答。

哦关于鞋教徒，以前黄金甲是一具骷髅穿着，跪在正方形黄金底座上，周围围着很多跪拜姿态的嘎掉的鞋教徒，后来更新才转移到飞船里，说明鞋教徒们崇拜的是外星文明。

整个剧情就是开头cg，然后地堡拿电锯那，看屏幕上的视频，基本介绍了游戏背景，最后就是进魔方和结局。3腿女是富豪女儿，主角受雇佣来救她一家三口，但地堡a的BOSS战打的是她变怪物的父母，然后在她父母房间可以捡到一个遗嘱，给3腿女留了7000多亿美金。魔方类似黄金飞船的星际穿越装置，主角手里的那个神器也是弱化版的，而岛上的狗头金，应该是魔方传送过来形成的外星矿物。

有人知道岛上的废弃渔村是什么人住吗，他们貌似在找神器碎片

可能是懒或者请不起概念设计吧，飞船，宇航服就以我们的科技水平去设计了，看上去都很亲切的样子。

（个人参考百科对剧情的推理，可能有不准确的地方）
和1.0之前比剧情改了好多，原本张建宇设定是“撒哈拉医疗”派的的间谍，现在改成被puffton开除后投靠撒哈拉的商业律师
剧情可以靠游戏中收集的邮件推理一下，puffton的一个博士告诉张建宇岛上有东西在倒计时，会让人变异，让张建宇通知puffton撤离，但张建宇回信表示倒计时只是一个童话。后面张建宇因为手下工人的离奇死亡对puffton不满，接着在岛上屠//杀写教徒，杀写教徒的录像被puffton看见，然后puffton开除了张建宇，puffton这一举动无意间救了张建宇一命，因为在张建宇被解雇离开岛屿后岛上的人都变异了。后来撒哈拉找到张建宇并给他资助（邮件里张建宇甚至提了一嘴是puffton永远做不到的资助）要求张建宇回岛去寻找金立方，然后张建宇就带着一队雇佣兵（应该是）和生存物资回岛去了（后面主角就来了）
在餐厅的人变异应该是金立方的影响，有人说是按照距离决定变异程度，还有的说是按照内心决定程度（理由是游戏里可收集的文件中有一个“一个人的心越邪恶，住在里面的怪物就越扭曲”也说明了为什么Virginia变异只是多长了腿和手）
主角Jack.Holt是一名记者，和puffton是朋友，puffton在邮件里表示如果他遭遇不测就请主角来寻找真相
洞穴里的古代建筑应该是外星的产物，飞船和宇航员貌似制作组还没有填坑，游戏剧情目前应该处于并不怎么完善的状态，为什么掩体广播有中文还没解释，制作组也好几个月没消息了

现在的剧情：
在很久以前，有一种生命体，叫异域人，他们和外星人一样是外来生命体，但是不是使用宇航，而是使用一种类似穿梭机的技术进行维度跨越。他们可能是前文明的地球人也可能是未来人，或许就是单纯的另外一个时间轴的人类，这个没有确切定论。
一群叫星之子的信徒曾经来到岛上开始殉教，这件事似乎并未对外公布，因为携带有录像带，这个岛屿很早之前就有邪教崇拜。北方部分更新后有三艘游艇：美好时光，黄昏之星和……叫啥来着？这群人非常排外，并且壕无人性。
游戏中有两个公司：
撒哈拉和普夫顿，撒哈拉这里不用多说了，一代够清楚了。而普夫顿的老板就是游戏中的老丈人BOSS：爱德华，爱德华对这种史前文物和技术非常着迷，就在和撒哈拉的竞争中竞标夺得游戏中的岛屿。
游戏中，我们见到的黑金属矿，就是后来的黄金矿的未提炼版，也就是金色圣衣的物质，但是这种矿物需要极高的技术才能精炼，拥有特殊的力量，甚至可以抵抗恶魔和共鸣。
在游戏中可以发现一艘人类科技的太空船，但是上边的人穿着为现实的宇航服，而主仓那位则不同，
为了掩护这些研究和开采，岛屿被建立成了一个仅用于社会精英的度假胜地。而地下，随着挖掘发现了大量的人工制品，最后发现了金色立方体，也就是结局出现的，大家口中外号为“电梯”的房间，里面发现了一个类似“方尖碑”的玩意在电梯里。但是没人知道这是什么？
一段时候后，研究者无意间触发了电梯的时空切换，结果这个切换导致了周围的人员全部变异，所以因此得出结论，岛上发现了变异体是原住民被影响而诞生的。
岛屿度假村开张后，大量名流进入，所以缺乏大量的服务人员，在一个叫卡尔的修理工偷窃了爱德华一张私人历史绘画后，公司不得不挟制了员工的进出，给各个地堡安装了高级识别系统（也就是游戏里我们要找的各种卡），同时教育一些原住民来进行一些低端的工作（所以原住民懂得使用螺旋桨作为武器）
而张建宇最早的时候只是一个部门人员，因为普夫顿公司是精英主义，对下边的人不问死活，对任何可能泄密的人员进行清理。导致了张建宇发现了自己下边的人莫名其妙的死亡，并且在停尸房看到了邪教徒殉教视频，最终被开除，而张建宇自身则因为离开而没有被变异波及（张建宇自身的建模和早期不同，而且设定也更改了。）在投奔撒哈拉后，被撒哈拉要求回来寻找方尖碑和金色立方体，结果带人回来后无意间和主角遇到。
张建宇本人看来并不是很残忍的人，即便是开枪阻止初代主角攻击鼻涕虫也只是击伤了他。最终张建宇因为没有机会进入金色立方体而变成了鼻涕虫变种，作为游戏的最终BOSS和穷人靠变异的一代主角儿子提米进行了一次战斗……最终被孤岛斧王主角击败了。
游戏开始时间一个月前，发生了堆叠事件，张建宇其实早知道这件事并且想要奉劝大家撤离，却被回信说是笑话。结果当天维度能量将他们自己的替代版本堆叠，每个人都变异了，没变异的人也被变异体杀死，整个俱乐部变成了地狱。而爱德华夫妇可能是因为自身长期接触这些东西，有一定抗性，变成了“盲变种”（蓬松变种），因为这里是绝对保密的，直到200多天后才被发现，主角，卡尔文，鱼眼等人被派去寻找他们，却被击落。
至于女主角弗吉尼亚，如果玩家仔细观察，芭蕾舞房间是有一双鞋子的，她以前是正常的，因为神器而产生了堆叠，在餐厅可以找到她的位置，但是可以看出她并未到场。而在剧情里，爱德华夫妇关系似乎并不好，老爹只痛爱女儿。
要注意的是，早期更新里，芭芭拉并没有放置在餐厅，所以她和弗吉尼亚都似乎没有到场。现在芭芭拉虽然是餐厅BOSS，但是她的座位依然是空的，有人认为她可能到场但是没入座。家庭关系不好+1.
另外一条线：
初代主角艾瑞克救回自己的孩子后，因为神器问题，超维度能量让儿子一直不稳定，所以来到岛上寻找解决方法。另外，主角和父子两个认识，并且有联系。
艾瑞克和儿子是分开的，不知道是否是一起来到岛上还是跟踪孩子来到岛上的，艾瑞克会在鼻涕虫那里出来救场，可惜被张建宇偷袭击伤。