时间来到2008年，斯格明石的相关研究停滞不前。研究小组背后的资方——盖迪奥斯不断要求三名科学家拿出能投入生产的研究成果。面对撤资和终止研究的威胁，伊姆兰·赞决定铤而走险，不顾莫念的反对，强行以特高压激发斯格明石。
于是，“翡翠耀斑”实验事故发生。斯格明石的能级异常跃迁，进入翡翠色的污染态所引发的。在这个过程中，毫无防护的D·兰斯因S-Pd辐射发生严重异变。
这一事件导致莫念博士不再相信斯格明石会给人类带来益处，而伊姆兰·赞则认为他目光局限，没有站在超脱于人类物种的高度去看待这种新物质，坚持要把研究进行下去。