a3之后，维兰德公司在lv426发现了另一处没有被毁灭的小型巢穴，这是核爆发生时，在远方免于毁灭的十几只异形。其中有一个被皇后注射过异形蜂王浆，优先进化成了皇后，带领剩下的异形构建了一个小型巢穴。维兰德公司派遣舰队来到了巢穴附近，以飞船为核心，建立研究中心。然后派出来陆战队和战斗型生化人组成的联合部队，进攻巢穴，这次使用强大的火力攻击巢穴，整个巢穴几乎被破坏，异形几乎似乎死伤殆尽。半残的皇后和几只幸存的异形被防酸材料束缚，打包带到了飞船研究室（飞船就在巢穴旁边，方便研究巢穴结构和分泌物）。
男主是其中一名陆战队队员，他非常奇怪这次任务为什么不是消灭怪物，而是捕捉怪物，队长的回应是赚自己的钱别多嘴。男主的搭档是一名战斗型生化人，和其他服务型型号，这是维兰德公司生产新型生化人，纯粹为了杀戮而生，它的程序允许它为了完成任务，消灭任何人（除了维兰德公司的高层人员，他们收到核心程序的保护）。
男主后来发现维兰德公司居然和臭名昭著的太空海盗合作，它们运送了大批货物过来，男主偷偷调察发现里面居然都是人，而且一大部分还是孕妇。
发现以后立即向队长举报，队长带人过来检查，结果发现集装箱里面显示都是动物，男主因此收到惩罚，被罚关禁闭。
原来男主偷偷过来检查被海盗发现了，它们赶紧替换了货物，换成动物拿来安检。
另一边负责研究项目的博士向董事会报告，为什么需要这么多孕妇作为实验品。它们之前到了夺命舰女主在飞船上面大战异形混血儿的记录，发现改造黑水可以让孕妇婴儿转变，而不会最终导致宿主死亡，这可能会是一个重要突破口（黑水杀死宿主，利用宿主的生殖器官/细胞来繁殖混血后裔）。
博士将改造黑水注入一批孕妇体内以后，体内婴儿很快被转化，生下来了一堆扭曲畸形的异形混血儿，这些混血儿大部分智力低下，性情残暴，让博士非常失望。将它们大部分冷冻起来，以后慢慢研究。
后来通过对于皇后揭破研究，博士发现异形蜂王浆的存在，将蜂王浆注入普通异形体内，发现加速它进化，提升了身体机能。
另一边男主也已经解除了禁闭，这次他更小心，借助一个电脑高手的队友，屏蔽摄像头之类的，混进了实验室，这时候遇到女主。女主就是下一批实验目标，他和女主表示自己一定会救她出去的。离开以后，女主就被注入了改造以后蜂王浆，女主也很快生下来一对双胞胎。两个孩子一个像人取名威尔伯，一个更像异形取名沃特雷。这两个孩子不像其他混血儿那样畸形，看起来更加完美（头部有着类似王冠的雏形，身上带有部分成年异形的装甲），而且拥有更高的智力，会观察学习。像人那个甚至能够学习人类的语言，说出来一些简单的词语。像异形那个则更加狡猾残暴，会虐杀其他动物。
男主这边进一步调察，发现自己队长其实知道一切，但是收了维兰德公司的黑钱，所以各种替他们打掩护。之后沃特雷那只通过自己观察学习，利用酸血逃出来实验室，来到冷冻休眠舱，将其他混血儿释放了出来。带领它们到处破坏，杀到了核心研究室里面，皇后被各种实验，切割已经奄奄一息。沃特雷来到皇后面前，残忍将其虐杀，撕碎，并且吃掉了她的大脑已经腹部重要器官，尤其是它腹部生产蜂王浆的特殊器官。吃完以后它的身体飞速变化，变得接近皇后般巨大。身上披着厚重的装甲，但是看起来要比皇后更像扭曲的人类，尤其巨大王冠下面依然有着一张扭曲的人脸。它释放其他被关押的异形，之前被实验注射过蜂王浆的异形已经进化成了禁卫，它因为皇后的死亡冲向了沃特雷，双方大战，沃特雷通过进化获得的新力量，虐杀了禁卫。冲着剩下异形门咆哮，其他异形纷纷低头臣服。然后它把混血儿里面比较弱小的跳出来，让其他混血儿和异形讲他们虐杀，淘汰队伍里面的弱者，这点引发了其他混血儿的不满。
之后它命令混血儿和异形将博士活着捕捉过来，通过博士下达指令，命令战斗型生化人消灭飞船里面所有的武装人员。命令异形和混血儿捕捉其他飞武装人员。
之后战斗型生化人突然发难，陆战队被打的措手不及，损失惨重，太空海盗也被迅速消灭。男主这边早就对于生化人有了警备，先下手为强，偷袭生化人，挖出来芯片模块，然后重新编程指令，植入普通生化人保护人类生命最高权益的指令。和它一起杀到了武器库，穿上了新型动力外骨骼装甲。

另一边威尔伯和母亲待在一起，遇到过来抓人的异形，为了保护母亲大战异形不敌重伤，女主跑出来让异形主动抓走自己，让它赶紧逃走。受伤的威尔伯顺着通风管逃跑，来到了一个充满肉茧，类似巢穴的房间。博士被安置在了墙上（失去利用价值，安置在巢穴等等抱脸虫）。博士见到威尔伯解释说这里是破胸者蜕变到成年异形形成的肉茧，这些肉茧会继续生长，形成原始巢穴，我让它们随意生长，作为研究，它们甚至链接到了外面的巢穴。威尔伯表示自己失败了，母亲已经倍抓走了。博士表示我可以给你力量，你的兄弟是一个恐怖怪物，但是你不一样，你可能才是人类的未来。你顺着这个小巢穴的衍生物，可以前往外面的大巢穴，在巢穴深处，我们捕捉到皇后的地下，它留下的产卵器，已经变化成了一个巨大肉茧。我研究发现巢穴衍生物一直吸收其他生物，将精华输送到了皇后那边，为皇后提供进化的基因物质（所以不同巢穴的皇后形象都差不多）。
皇后虽然不在了，但是巢穴依然在执行这个功能，它等待着下一个一个异形进入完成升级。威尔伯赶紧前往了巢穴深处，进入了肉茧。男主这里一边反击其他生化人，一边寻找女主。
在一个实验室里面看到整个实验室墙面都被异形衍生物转化像胃壁一样分泌酸液，天花板有一个半人半异形的扭曲婴儿粘在肉壁上面，它的肚脐眼上面脐带链接一个巨型胃和子宫融合巨大器官，里面好像充满酸液，朝躲在仪器桌子后面研究员喷吐酸液，男主带人过去救了它们。
沃特雷看到被绑架而来的母亲，发出来恶心的笑容，开始残虐自己的母亲。就在快要杀死削弱的母亲的时候。威尔伯蜕变完成，飞速杀了过来。蜕变的威尔伯同样长着巨大的王冠，披着厚重的装甲，但是此时王冠之下，已经看不到眼睛，表情，只有像异形一样的冰冷。博士看到以后，感慨到看来还是失败了，它已经成了一样的怪物。
威尔伯冲过去激战自己的兄弟，沃特雷被打的节节败退，看到了它的弱势，其他不满的混血儿也爆发，试图攻击沃特雷，而异形则开始保护沃特雷。双方爆发的混战厮杀。等死亡的差不多时候，男主这边也加入了战场，收割剩下的人头。最后两兄弟同时重伤倒下，女主用男主那边拿过来的枪，将沃特雷爆头杀死，来到了威尔伯面前，威尔伯濒死之间，恢复了人性，最后喊了一句：妈妈，倒在了女主怀中死去。
最后男主和女主几人，开着小型飞船离开，引爆战舰上面的核弹，将研究室和巢穴沉底核平。

沉力