这些高校主要集中在985院校中。我国总共有39所985高校,其中31所就是“副部级”高校,它们分别是:清华大学、北京大学、中国人民大学、北京航空航天大学、北京理工大学、北京师范大学、中国农业大学、复旦大学、哈尔滨工业大学、南开大学、中南大学、东南大学、大连理工大学、山东大学、中山大学、四川大学、西北工业大学、中国科学技术大学、重庆大学、厦门大学、吉林大学、天津大学、浙江大学、上海交通大学、南京大学、武汉大学、同济大学、兰州大学、华中科技大学、西安交通大学、西北农林科技大学。
这些高校的党委书记和校长都是副部级干部,由中央任免;常务副书记和副校长为正厅级,其余副职为副厅级,以前均由主管部委任免,如今干部管理权限也上移中组部,成为中管厅级干部。