玩家新开档，发现自己处于黑洞之中,黑洞的中心是一个绯红球体，也就是阿特拉斯本尊,阿特拉斯向玩家解释了玩家是由阿特拉斯创造而来。并且向玩家简单介绍了由他创造出的其他三大种族,阿特拉斯向玩家解释自己是整个宇宙的创物主。但是这个虚拟的宇宙即将毁灭,玩家将在阿特拉斯的指引下逐步学会阿特拉斯所创造的科技,并且用这些科技前往宇宙中心。
当玩家第一次到达宇宙中心之后,这个由阿特拉斯创造的宇宙发生错乱,导致宇宙重置,并将玩家拉回了最初的起点。此时进入二周目,但是玩家在追寻阿特拉斯之道的过程中所制作的环宇球保存了玩家所有的科技。阿特拉斯唤醒了玩家,并且通过环宇球恢复了玩家的科技,之后玩家再次启程,前往宇宙中心。
但是这次在前往宇宙中心的路上,一个名字叫无名的NPC告诉了玩家真相,阿特拉斯是骗子让玩家不要服从阿特拉斯,并且告诉玩家如果你帮助了阿特拉斯最后会导致玩家自己死亡,阿特拉斯会将玩家从这个虚拟的宇宙中抹除,从这时候起,玩家心中就产生了分歧,是继续遵循阿特拉斯还是另谋出路,然后任务一步步引导最后,有三个结局。
第一个结局是遵循阿特拉斯,拯救了这个宇宙,但是玩家也被阿特拉斯所抹除,不过最后结局的彩蛋是你突然在一个吉克的星系醒来,发现自己变成了一名吉克,并且保留了所有阿特拉斯教会你的科技,最后带领吉克走向兴盛
第二个结局是:你到了星系中心后拒绝了阿特拉斯的请求,选择不帮助阿特拉斯拯救这个宇宙,随后宇宙灭亡,但是一阵白光之后你回到了开局的一幕,你面前是个黑洞,黑洞将你吞噬,醒来后保留所有科技,处于一个你不认识的宇宙,这个宇宙没有阿特拉斯,做你想做的事事情吧
第三个结局是你听完无名说的话之后找到阿特拉斯,并质问阿特拉斯自己帮助阿特拉斯后是否会像无名所说(修复宇宙后玩家将会被阿特拉斯从宇宙抹除)阿特拉斯直观的告诉你不会,但是你心中还是不信,但是阿特拉斯作为整个宇宙的造物主,它可以轻松将你从宇宙抹除,你不敢当面逆反,最后一步步走到星系中心,发现星系中心有三个星球,正是三大种族的母星,你和无名私下召集了三大种族的领袖,告诉他们都是假的,整个宇宙都是假的,我们只是阿特拉斯创造出来的虚拟物,三大领袖不相信(这个结局需要三个种族的声望都要达到最高,不然人家领袖干嘛帮你),一起前往星系中心,一起质问阿特拉斯,阿特拉斯最后无奈向三大领袖和玩家道出实情,承认一切都是虚拟的,可是这个虚拟的宇宙即将崩盘,必须要玩家帮助阿特拉斯,但是结局是玩家会消亡,玩家自己也不愿意消亡,于是要求阿特拉斯保全自己,三大领袖也要求阿特拉斯保全玩家,阿特拉斯自然不会妥协,最后三大领袖威胁阿特拉斯,如果不保全玩家他们就将阿特拉斯创造出来的宇宙毁灭,(在此之前有一条故事线是玩家选择逆反后通过阿特拉斯提供的科技,制造出了能够毁灭宇宙的东西,而且玩家把自己从阿特拉斯身上学的所有科技都送给了三大种族)阿特拉斯不想自己的心血(这个虚拟的宇宙)毁于一旦,最终以自己消亡的代价保全了这个虚拟的宇宙,从此宇宙再无阿特拉斯,三大种族最后因为没有阿特拉斯的指引和约束后和玩家侵占了整个宇宙，最后还是导致了宇宙灭亡