核酸多样性主要由基因组的大小、结构和序列变异等因素决定。不同物种的基因组大小和结构差异很大，而基因组序列变异则是由遗传变异、突变和重组等因素引起的。此外，环境因素也可能影响核酸多样性，例如辐射和化学物质等。