洁净厂房消毒通常会使用具有杀菌、杀病毒、除臭等效果的消毒剂，如过氧乙酸、次氯酸钠、氢氧化钠等。消毒剂的选择需要考虑对环境和人体的安全性，以及对目标病原体的杀灭效果。在使用消毒剂时，需按照说明书要求进行正确稀释、浸泡或喷洒，并注意个人防护。