1999年12月3日，南关区撤销东安街道办事处，将其所辖行政区域划归长通街道办事处管辖；撤销西五街道办事处，将其所辖行政区域划归新春街道办事处管辖；将自强街道办事处的成阳路、树勋街2个居民委划归民康街道办事处管辖；撤销清明街道办事处，将其所辖行政区域划归自强街道办事处管辖；撤销磐石街道办事处，将其所辖行政区域划归南岭街道办事处管辖；撤销南街街道办事处，将其所辖行政区域划归全安街道办事处管辖。2000年，南关区辖11个街道、4个镇、1个乡。
南关区2003年5月21日，将长春市南关区大南镇更名为新湖镇 。9月，长春市行政区划进行了调整，将南关区的新立城镇、新湖镇划归净月旅游经济开发区代管。区划调整后，南关区总面积为81平方公里，其中南湖大路以南的新城区面积为65平方公里，南湖大路以北的老城区面积为16平方公里，辖9街1乡2镇，7个行政村，54个社区，人口47.5万。
2003年，南关区辖：桃源街道、全安街道、永吉街道、曙光街道、南岭街道、永兴街道、自强街道、民康街道、新春街道、净月街道、玉潭镇、新立城镇、新湖镇、幸福乡。其中新立城镇、新湖镇由净月旅游经济开发区代管。2004年8月15日，全区辖11个街道，3个镇，1个乡，69个社区，36个村。新春街道：办事处驻大马路；长通街道：办事处驻东大桥街；南岭街道：办事处驻亚泰大街；永吉街道：办事处驻通化路；曙光街道：办事处驻珲春街；全安街道：办事处驻二三小区；民康街道：办事处驻西四道街；自强街道：办事处驻平治街；桃源街道：办事处驻晴柳街；永兴街道：办事处驻锦竹东路31号；净月街道：办事处驻东北师大对面；玉潭镇：镇政府驻福祉大路；新立城镇：镇政府驻下齐家窝堡；新湖镇：镇政府驻土别岭；幸福乡：乡政府驻幸福街。
2005年12月20日，经省政府批准，决定在南关区和二道区分别成立临河、东方广场两个街道办事处，交经济技术开发区代管。南关区临河街道办事处位于东环城路以西，自由大路以南，伊通河以东，卫星路以北，辖宏声村、宏明村、宏丰村、大榆树村、小河沿村，8个社区（浦东路社区、海口路社区、昆山路社区、威海路社区、临河社区、珠海路社区、北海路社区、卫星路社区）。辖区面积10.8平方公里，人口125795人。 2006年，成立鸿城街道、明珠街道
南关区2003年5月21日，将长春市南关区大南镇更名为新湖镇 。9月，长春市行政区划进行了调整，将南关区的新立城镇、新湖镇划归净月旅游经济开发区代管。区划调整后，南关区总面积为81平方公里，其中南湖大路以南的新城区面积为65平方公里，南湖大路以北的老城区面积为16平方公里，辖9街1乡2镇，7个行政村，54个社区，人口47.5万。
2003年，南关区辖：桃源街道、全安街道、永吉街道、曙光街道、南岭街道、永兴街道、自强街道、民康街道、新春街道、净月街道、玉潭镇、新立城镇、新湖镇、幸福乡。其中新立城镇、新湖镇由净月旅游经济开发区代管。2004年8月15日，全区辖11个街道，3个镇，1个乡，69个社区，36个村。新春街道：办事处驻大马路；长通街道：办事处驻东大桥街；南岭街道：办事处驻亚泰大街；永吉街道：办事处驻通化路；曙光街道：办事处驻珲春街；全安街道：办事处驻二三小区；民康街道：办事处驻西四道街；自强街道：办事处驻平治街；桃源街道：办事处驻晴柳街；永兴街道：办事处驻锦竹东路31号；净月街道：办事处驻东北师大对面；玉潭镇：镇政府驻福祉大路；新立城镇：镇政府驻下齐家窝堡；新湖镇：镇政府驻土别岭；幸福乡：乡政府驻幸福街。
2005年12月20日，经省政府批准，决定在南关区和二道区分别成立临河、东方广场两个街道办事处，交经济技术开发区代管。南关区临河街道办事处位于东环城路以西，自由大路以南，伊通河以东，卫星路以北，辖宏声村、宏明村、宏丰村、大榆树村、小河沿村，8个社区（浦东路社区、海口路社区、昆山路社区、威海路社区、临河社区、珠海路社区、北海路社区、卫星路社区）。辖区面积10.8平方公里，人口125795人。 2006年，成立鸿城街道、明珠街道
