通关效率问题：跨境贸易电子商务在交易的过程中不可避免的会涉及到海关通关监管与征税。大量的货物通过快件渠道和邮递渠道进境，对海关的监管方式与征税带来了更高的要求。而面对跨境获取的邮递与退换等问题，现行的海关监管模式仍不能很好地解决。一些电子商务企业在跨境贸易方面已经出现了一些问题，特别是难以快速通关与规范结汇。因此成熟的企业会借助关务管理系统辅助通关，简单又高效。
物流问题：物流通常包括仓储、分拣、包装和配送服务，其作为连通买家和卖家的一根纽带，在电子商务交易中占据着重要位置。目前，我国跨境物流存在很多困难和问题。首先，跨境物流成本偏高，跨境物流很多都依靠空运，这无疑增加了物流成本。其次，跨境物流尚未跟上跨境电商发展的步伐，存在一定的滞后性，而且体系建设尚不健全，基础设施还不完善，满足不了呈爆发式增长的跨境电子商务交易交易需求，某种程度上制约了跨境电商的发展。
电子支付问题：跨境电子支付涉及到交易双方资金转账安全，是跨境贸易电子商务的核心环节。目前，电子支付尚存在一定的风险。一方面，在信息传输过程中，因系统故障或信息故障而造成支付信息丢失；另一方面，存在一些外部人员非法利用计算机技术盗取支付信息，对交易的一方造成损失。