虽然“电动牙刷的清洁能力一定高于手动牙刷”的观点看似合情合理，但事实上诸多相关研究的结论互相矛盾，因此单就这方面而言两类牙刷的胜负还不能立见分晓。
从专业角度讲，掌握刷牙技术更重要。只要刷牙方法得当，刷牙能够面面俱到，手动牙刷和电动牙刷都能把牙刷干净。目前有研究发现旋转震荡式电动牙刷、声波震动牙刷的清洁能力优于手动牙刷。因此，从开始学习刷牙起就依赖电动牙刷的做法并不可取。对刷牙技术而言，电动牙刷只是起到“如虎添翼”的作用。
去色素能力
有研究发现，从单次清洁的结果看，电动牙刷与手动牙刷差距不大；只有比较多次清洁的结果，电动牙刷的优势才会体现出来。但该研究仅以一种旋转震荡脉冲式（三维清洁）电动牙刷作为研究对象，故其他类型电动牙刷在这方面是否同样具备优势还有待进一步研究确认。
安全性
刷牙方式不当，手动牙刷也会损伤牙龈和牙齿；而电动牙刷，虽然多数研究结果显示在正常情况下不会对口腔软硬组织造成损伤，但现实情况非如此。美国食品药品监督管理局（FDA）曾报道，某品牌电动牙刷的旋转刷头在高速运行时断裂并掉入口腔，导致消费者牙齿折裂和窒息。因此FDA建议，当儿童使用电动牙刷时，需要有家长监护。