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你要明白这部作品主题还是回归生活，不要逃避。其中很多地方的逻辑很难自洽的，只能脑补一下，特别是宗教方面的。
我拉通了讲吧，旧剧场版这里面大白梨就是莉莉丝，初号机是大白俪下半身砍下来复制的。凌波丽是真嗣妈妈（定唯）的克隆体，这个克隆体用来存放莉莉丝的灵魂。所以司令把凌波丽安排在烂尾楼住，平时还主动跟凌波丽讲话，可以看出凌波丽在tv前几集是很喜欢司令的，因为司令需要控制凌波丽，可惜在剧场版中凌波丽还是没有听他指挥，带着司令手上的亚当自己跑到本体莉莉丝当中去了，这里相对于灵魂回归本体（所以融合的时候电影专门给了一幕字“欢迎回来”）。为什么背叛司令？因为是真嗣让凌波丽找回了自我，慢慢拥有了人类的感情而且发现司令是在利用她。
真嗣的妈妈的灵魂则融入了复制体的莉莉丝当中（也就是初号机）。真嗣妈妈发现了nver的计划，她不认同人类补完计划，所以主动在是实验中留在初号机内，目的在人类补完时保护自己的儿子（因为初号机只能由真嗣开），就算外面天翻地覆，儿子在初号机中也是安全的。并且补完计划仪式需要初号机，也就说到底发动与否选择权在儿子手上。
最后结尾真嗣是成神，明日香不可能的啦。为什么二人在海滩上，因为真嗣发动补完计划但是过程中真嗣发现不是他想要的世界，加上明日香拒绝了她（因为明日香认同了自己，香香意识到了自己是独立的个体，不需要别人肯定更不需要否定自己的纯在）。这时真嗣终止了补完，所以大白莉牺牲自我又放回了收集起来灵魂，但是这些灵魂必须要有独立的个体意识才能从lcl中回到肉体，这就是为什么开头只有两人，一个是神，一个是个体意识很强的明日香。

掐脖子这里全凭读者自己理解了。我的想法是真嗣处于极其矛盾的状态，坏掉了。他掐明日香，其实是想明日香反过来淦掉自己，哪怕打自己一顿也好。

旧剧场版和新剧场版设定完全不同，分开看。终：凌波丽是克隆体，需要定时维护身体，泡在lcl中，没有维护就化成汁了。

昨天刚好回去摸了一遍air+真心为你 建议再看一遍真心为你最后的意识流 shinji选择新世界之前的对白有铺垫 他和丽熏的对白 总会被他人背弃的 总会被他人伤害的 但我想再见一次 我的个人理解是 新世界之后 见到第一个人—香香 他的第一反应很复杂 既高兴又想确认是否达到了他希望的真实的会受伤会隔阂的世界 于是直接上手了 结果香香也得到了补完（进步）给出了一个表示体谅和宽容的摸脸 shinji百感交集嗷嗷哭了起来 于是迎来了旧剧场版的终章：香香幽幽一句—真恶心

b站有很多up解释，可以去看看