按地区罗列一下
玄武湖-鼓楼:鼓楼、鸡鸣寺(现代复建)、台城(明城墙玄武湖段)、考试院旧址(民国)、中央研究院旧址(民国)
大行宫地区:总统府、毗卢寺(好像是现代复建)
城东:东水关
城西:赏心亭(非常不错的现代仿古)、清凉寺、清凉门
城南:朝天宫、甘家大院(甘熙故居)、夫子庙、瞻园、老门东、老门西、中华门及明城墙城南段、大报恩寺(遗址)
明故宫地区:明故宫遗址公园、午门遗址、西安门遗址、西华门遗址、南京博物院(民国)、励志社(民国)
城北:阅江楼(非常不错的现代仿古)、天妃宫静海寺(现代仿古)、神策门、挹江门、仪凤门
紫金山地区:明孝陵、美龄宫(民国)、灵谷寺(民国)(无梁殿为明代)、中山陵及其附属建筑(民国)
郊区:牛首山景区(现代仿古)(弘觉寺塔为明代)、栖霞寺
算上了一些民国的大屋顶建筑和现代复建的古建筑,但没包括非传统样式的民国建筑、地下遗址、地下墓葬和只有石刻的墓葬