申请通过行政方式认定中国驰名商标，有三种申报程序：
（1）通过商标争议：对其他企业和个人已经注册的甲商标，当事企业认为甲商标违反了《商标法》第十三条的规定，侵犯了本企业乙商标的权益，当事企业便可依据《商标法》及其《实施规定》，直接向国家工商总局商标评审委员会提出争议，请求裁定撤消已经注册的甲商标，同时认定本企业的乙商标为驰名商标。
（2）通过商标异议：对其他企业和个人正在注册、经初步审定并在公告期内的甲商标，当事企业认为甲商标违反了《商标法》第十三条的规定，侵犯了本企业乙商标的权益，当事企业便可依据《商标法》及其《实施规定》直接向国家工商总局商标局提出异议，请求商标局对甲商标不予注册，同时认定本企业的乙商标为驰名商标。
（3）通过商标管理案件：
1、他人在相同或类似商品上，擅自使用与当事人未在中国注册的驰名商标相同或近似的商标，容易导致混淆的；
2、他人在不相同或不类似的商品上，擅自使用与当事人已经在中国注册的驰名商标相同或近似的商标，容易误导相关公众，致使当事人的利益可能受到损害的；
这两种情况均可依据《驰名商标认定和保护办法》，上报国家工商总局商标局案件指导处，请求认定自己的商标为驰名商标。
争议、异议两种程序均可以不经过地方工商局，而直接由国家工商总局受理。受理过程中，对方也有申述权（法律中没有时间限制）。
擅自使用的程序为：因是以商标专用权以外的个案启动整个认定程序，需当事企业在案发地地市级工商局报告此案，当地工商局自受理此案时起，15个工作日内给予答复，并上报到省级工商局；省级工商局自受理此案时起，15个工作日内给予答复，并上报到国家工商总局商标局案件指导处；国家工商总局商标局案件指导处自受理此案之日起，6个月内给予答复（均为法律规定时间）。