扁桃体有以下生理功能：
1、生成淋巴细胞 扁桃体是生成淋巴细胞的重要场所之一。扁桃体内含有各个发育阶段的淋巴细胞，包括T细胞、B细胞、浆细胞和吞噬细胞。
2、生成抗体 可产生各种免疫球蛋白，其中分泌型Ig G最多，IgA次之，IgM居第三位。
3、获得性免疫和使感染局限 可捕捉经口、咽部进入的食物或空气中的抗原，其作用是通过淋巴细胞产生的抗体吸附抗原而完成的。
4、对内分泌的影响 有人认为扁桃体与甲状腺功能密切，或有抑制发育生长的作用。
5、反射机能 可发生多种作用于内脏和心血管系统的反射作用。
