苗瑶之源流，目前学术界公认的看法是：苗瑶语族中的苗、瑶、畲这几个民族都拥有同一个源流，在族属上与“九黎”“三苗”“南蛮”有着紧密的联系。对此，分子人类学的基因分析，提供了新的证据。对此，对瑶族研究造诣很深的张有隽先生，在人们还在历史文献中寻找瑶族族源的答案之时，他于2000年把眼光转向了刚兴起的分子人类学，与复旦大学现代人类学研究中心的金力、李辉、文波等人合作，在广西、广东、湖南、云南等地区进行了大规模瑶族人群DNA抽样调查，对这些样品进行了最适合于研究东亚人群的13个Y-SNP遗传标记基因分型。文波等人撰写的对瑶族的基因分析，取得了重大的突破。张有隽先生根据分子人类学的材料，对苗瑶族群的起源和迁徙作了假想，他说：苗族、瑶族以及汉族、藏缅族群的父系血统关系比较相像，南北族群融合的情况非常突出。通过对苗瑶族群最突出的O3-M7单倍群分析，可以判断这个族群的分化起码是在1.7到1万年前就开始了。所以在将这一信息比对考古学、历史学的研究成果之后，可以认为苗瑶族群的发展历程是：“汉藏—苗瑶”群体在1.7到1万年前便从最初的族群中分离成为一个独立的族群。到了8000年前，江汉平原一带的苗瑶民众创造了最早稻作的高庙文化。随后，苗瑶族群逐渐开始北向迁徙发展，和黄河流域的各类文化交流、融合，很可能也参与了黄帝与蚩尤之间的战争，并随后在战乱影响下不断往西南迁徙，而向北迁徙的也就是当代苗族的群众[3]58。

具体而言，苗族从1.7万年前的上古时期开始发源，得益于彭头山文化、高庙文化的稻作而壮大成型，经历了三皇时期的“三苗”“九黎”，再到五帝时期的“有苗”等，以至春秋战国时期的“南蛮”以及汉朝与魏晋时期的“武陵蛮”，最终演变成了唐代的苗族。瑶族与苗族的族群发展经历大致相同，从1.7万年前的传说与创世的英雄神话中可以反推，瑶族的远古先祖盘瓠就是属于九黎一族的，最终也成为了武陵蛮、五溪蛮一员。由此可见，在分子人类学的视野中，也证实了苗、瑶以及畲族的同源关系。