温州机场综合交通中心总建筑面积约30万平方米，由地下和地上建筑两部分组成。据介绍，在综合交通中心西侧，通过地下、地面、空中联廊与2018年投用的T2航站楼联系；地下设置了市域铁路S1、S2线机场站；交通中心一层设置通往各县市区及周边城市的长途客运站；交通中心与航站楼之间的道路划分不同车辆的通行线路，提高车辆通行效率。交通中心东侧则预留了与未来高铁东站的换乘通道。