七夕前最后的满月之夜，柯南做了一个梦。在毛利侦探事务所门前他被暴露出了高中生侦探工藤新一的身份。他被GIN从背后捂住嘴，被迫亲眼看到青梅竹马毛利兰被当场射杀……
于是以这个惊悚万分的噩梦为引，剧情由连续杀人事件发生：寻找凶手和同黑暗组织纠缠不清、与组织决斗两条线索交织发展。原来，这次连续杀人事件共产生了6名牺牲者，分布在日本的各个区域内。于是各个县内的警部们共八名便齐聚一堂共同参与此次搜查活动。而对于任何案件都不会放过的柯南自然不会允许在自己的眼皮底下再出现新的受害者。于是在积极调查此次案件的途中，意外发现了黑暗组织成员Vermouth潜入了搜查会议。在地下车库与Vermouth得对话中得知此次事件真凶的手中持有组织的机密文件。为了比警部们更快的找到犯人的踪迹，一位代号叫做Irish的组织成员变装潜入了搜查会议中。而究竟变装成了谁？Vermouth是不会好心到对柯南托出最后的王牌的。
而另一方面，Irish也注意到了这个总是跟在毛利侦探后面的小孩似乎不简单。于是半夜三更分别去帝丹小学和帝丹高中采取了柯南和新一的指纹。柯南的真实身份在一夜之间毫无疑问的得到了正式。同时，柯南查找案件真凶的进度也已经进行到了最后阶段。顺利的再东京铁塔即将闭馆之前与违犯人和真犯人得以一同照面，病成功停止了违犯人A的自杀行为和扯破真犯人B的凶恶嘴脸。第一条线索正式落幕。于此同时聚集了八名经营的警方这方后脚跟进东京铁塔，而原本能这样顺利的逮捕犯人一切得以高中的时候，却由于某位伪搜查官使得警部一行人全军覆没，纷纷丧失知觉地平躺在了东京铁塔内。