天启初年明军在辽东一溃千里，望风而逃的时候，惟独毛文龙能仅仅依靠二百人的军丁，深入敌后，逆流而上，涉大海，入虎穴，袭取镇江，活捉汉奸佟养真，后来又靠着惊人的胆识和过人的洞察力，开辟了东江军区。这是一心丑化毛文龙的满清修的《明史》都承认的。
东江是分布范围达千里的群岛总称，如果考虑到其是指毛文龙管辖的军区，则还应包括陆地上朝鲜境内的铁山。其名称之得来，据说是因为在鸭绿江之东。
毛文龙奏疏塘报以及李朝实录中提及到岛屿有：三山岛、广鹿岛、长山岛、石城岛、小松岛、鹿岛、给店岛、色利岛、獐子岛、海洋岛、五家岛、菊花岛、荞麦岛、大鸡岛，加次岛、须弥岛（云从岛）、皮岛（椵岛）等等。
其中地方达到百余里甚至数百里的大岛有：石城岛、长山岛、广鹿岛，皮岛反不如这些岛大，其余诸岛也多有数十里范围。

这些岛在毛文龙镇守之后，逐渐招揽聚集百姓，把大批辽民训练成军队士兵，同时吸引商贾，发展贸易，经济上活跃繁荣起来。可以说东江抗金基地完全是毛文龙白手起家，一手开发出来的。毛文龙领导的东江起到巨大作用是后金统治者自己的《满文老档》都承认的。

关于毛文龙策动大量金占区辽民起义逃亡，努尔哈赤：
“尔等若听信毛文龙所谓皆为官之诱骗，弃地叛去，一乡千百之人皆为官，则尔等属下之民又何在？故祸已临尔等之头矣。”[1]
汉奸李永芳：“沿南海居民因听信毛文龙挑唆之言，杀我之人而叛逃者，遂令迁移之。”[2]
毛文龙派遣大量间谍到后金刺探情报，策反汉人将官，搞得后金统治者疑神疑鬼的情况，可以看看努尔哈赤对他手下汉奸的训斥：“尔等若念养育之恩，为何未将毛文龙所差之奸细查出一人？为何不查叛逃暴乱者？若不为汗效力，豢养尔等何益？”[3]

毛文龙通过发动辽民起义，策反汉奸，搞得后金统治区鸡飞狗跳，草木皆兵，这些在《满文老档》里有详细记录。当时后金在自己统治境内的哨兵晚上露天睡觉都不敢点火取暖，到老百姓家里都怕被毒死，行动必须结伴，一旦落单就可能被杀死。
可以说，正因毛文龙破坏了后金统治基础，让其后院起火，所以努尔哈赤从天启二年正月打下广宁后，一直到天启五年，不但不能再发动新的攻势，相反一再退缩，连已经占据的广宁都要烧掉，军队撤回。孙承宗、袁崇焕等人赖以整顿军队，修筑城池的这大把大把的时间机会，本身就是毛文龙创造出来的。

因为辽民反抗实在太激烈，努尔哈赤不得不在天启五年十月左右，进行了大屠杀，稍有嫌疑的汉人全部杀掉（具体情形见《满文老档》记载）。在屠刀镇压之下，后方地盘好不容易安稳了一点，这才让努尔哈赤有喘息机会，得以在天启六年初发动对宁远的攻击。
而毛文龙几乎在努尔哈赤起兵的同时（天启六年正月十四日），就部署了兵力牵掣。分派各路人马去袭击海州，袭击沈阳，并在各处“夜则举火，昼则放炮”，以疑兵牵制。[4]

正因为毛文龙的牵制，才使得宁远受围攻的时间只有短短两天，金兵攻破觉华岛，杀戮数万明方兵民之后就退回去了。否则觉华岛被破之后，后金完全有足够的粮草和物资对宁远进行长期围困，袁崇焕只有当俘虏的份。正因毛文龙对后金造成的重大影响，天启七年皇太极要打宁锦之前，先用大兵去打在朝鲜的毛文龙。出兵首要目的是毛文龙，而不是朝鲜，这在《满文老档》中是记载的清清楚楚，没有任何含糊和疑问：“天聪元年正月初八日，命贝勒阿敏、济尔哈郎台吉、阿济格台吉、杜度台吉、岳托台吉及尔托台吉，率大军往征驻朝鲜明将毛文龙。”[5]“天聪元年，岁在丁卯，征朝鲜国。先是朝鲜累世得罪我国。然此次非专伐朝鲜，明毛文龙驻近朝鲜海岛，屡收纳逃人。我遂怒而往征之，若朝鲜可取，顺便取之。故用兵两图之。”[6]

而在后金给朝鲜的声讨书中，列举了打朝鲜的七个原因，其中三个都是和毛文龙有关。在给朝鲜的回信里，争论的主要内容仍旧是毛文龙。
“至毛文龙信，其明帝亦置之不理，不供其饷，尔为何供其粮也？……尔容毛文龙驻尔地，挑唆我辽东之民，尚谓不知？” [7]

这次后金东征，朝鲜尽管屈服，但毛文龙防守得宜，保存了有生力量。所以皇太极在随后攻打宁锦，仍不敢长期围困，短期内攻打不下来，就撤了回去。托词是天热，但实际上后来崇祯时期，围困锦州长达一年，同样经历夏天，天热之说当然是遮羞的说法。
袁崇焕在宁锦之战的表现，完全可以用惊慌失措，无头苍蝇来形容。没有毛文龙的牵制让后金顾虑后院起火，那在天启年间，类似崇祯时期围困大凌河，围困锦州，围城打援，最后粮尽援绝，守将投降的惨局早就提前上演了。

一直到崇祯初年，后金对毛文龙依旧是念念不忘。崇祯元年十一月大汉奸祝世胤在给皇太极的上疏中就提议设法用反间计除掉毛文龙：
“使宁远闻知，又疑毛文龙交通我国，叫他自相猜疑，彼果中我反间之计，不待动兵，而我坐取胜矣”（《明清档案存真选辑第三辑》，天聪二年十一月厢边红旗备御祝世胤俯陈末议奏本）并且还在一个奏本里自述如何卖力抓捕毛文龙奸细，因此害怕毛文龙用反间计来除掉他：
“臣执法审查奸细，唯恐走脱奸细，与毛文龙说知，恨臣，来投反间，臣担当不起，统望皇上贝勒鉴，查臣为主寸心，与臣做主，臣益得竭力图报矣。”[8]

可以说毛文龙自始至终就是后金上上下下的眼中钉，肉中刺，必欲除之而后快。在军事手段无法消灭毛文龙的情况下，就意图招降。天启五年，天启六年，努尔哈赤接连写过两封给毛文龙的招降信。
天启五年的信里，努尔哈赤为毛文龙受到的不公正待遇打抱不平：
“尔为主效力，然君幼臣昏”
建议毛文龙可以去攻打朝鲜，自立一方就行了：
“我之意，以尔取朝鲜之义州城，与我相倚而居，则朝鲜岂敢犯尔？”[9]。天启六年的信里，努尔哈赤又苦口婆心劝说毛文龙归顺他：
“毛将军，无论尔如何为君效力，然尔国亡时已至，君臣昏聩，反致殃祸于尔，何益有哉。”[10]
并且开出了极为优厚的条件：

“佟驸马，刘副将皆只身逃来，李驸马及辽东广宁之官员，皆获于阵前。彼等皆被擢用养育，尔不知乎？尔若诚能向我，则待尔优于彼等。”[11]
意思就是佟养性、李永芳这些汉奸要么光棍一个来投奔，要么是打仗的时候抓住的俘虏，我尚且极尽优待之能事，把自己女儿送给他们做老婆。如果你是带兵来投的话，待遇肯定在他们之上了。（那估计只能是他那些儿子贝勒一个级别，相当于封王了，实际上后来毛文龙死后，原本他手下的尚可喜、孔有德、耿仲明投降后金都被封王）。

但毛文龙对这些招降，无一例外，严词拒绝，书信上交朝廷。
到了崇祯元年，皇太极还想笼络，结果是被毛文龙当猴子耍，使者一个被杀，一个被送到京城，毛文龙还极为搞笑地骗皇太极说是使者上错船了！
在毛文龙死后，皇太极招降皮岛的信里谈及此事，还心有余悸。在《太宗皇帝招抚皮岛诸将谕贴》里对当时占据皮岛的刘氏兄弟说，本来是打算派金人到岛上去和你们联络的，但因为过去毛文龙哄骗金人到岛上，抓的抓，杀的杀，所以都不敢去了：
“但因前年文龙哄下金人到岛，或杀或解，故人惮去矣”[12]

纵观明金作战史，说毛文龙是后金最可怕的敌人，是头号心腹大患，基本不夸张。
在《满文老档》中提到明朝方面次数最多的官员将领名字就是毛文龙，光是直接提及名字的次数就近百次（我还特地统计了一下，确实近百次），如相关的事件计入，则更多。相比之下老档中直接提到袁崇焕的次数大概在十二次左右，如果扣掉后金利用袁崇焕议和的信件往来，那就只有五六次都不到了。
因为毛文龙的抗金活动，朝鲜人也对他非常怨恨。
一方面认为毛文龙惹怒后金，连累他们。另一方面东江军民从朝鲜索取了不少粮食补给，给朝鲜造成很大负担；再加上毛文龙招徕的从后金统治境内逃亡出来的辽东难民因为穷困至极在朝鲜境内抢劫乃至于杀人，更使朝鲜人厌恨毛文龙。这从李朝实录的记载里也是可以看得很清楚。

比如天启二年八月“
壬戌八月己巳，王接见金守备于仁政殿，守备毛将标下也。辛未，备边司因传教致启曰‘文希贤未及入住，毛将又斩真鞑，贼怒必甚，危机已迫’”[13]
同月另一则记载说的更明显：
“丁巳备边司启曰：‘毛将不量事势，横挑强胡，嫁祸于我国者累矣。既惩林畔之变，今将入海，是则悔祸之端巳著，而信我之意，亦可见矣’”[14]
意思就是毛文龙不顾自己兵力弱小，面对实力强大的后金军队，坚持作战（不量事势，横挑强胡），屡次给后金打击，导致后金迁怒我国不是一次两次了.