现代医学最重大的发现之一，就是知道许多疾病的许多病人的病情，是可以不经治疗或者经过假治疗而获得好转甚至痊愈的。因此，要确定一种疗法的疗效，必须进行随机的、有对照的、双盲的临床试验：把病人随机地分成两组，一组进行治疗，一组进行假治疗，而病人和医生都不知道谁属于哪一组，最后再比较两组的疗效。
但是要对针灸进行双盲试验却难以做到。在试验新药时，让对照组病人吃在外观上和新药相同的假药就可以瞒过病人和医生，但是要让病人不知道他们是否在接受针灸治疗却不容易。一种解决办法是使用“假入针”，在不让病人看到的情况下只让针接触皮肤而没有扎入，另一种做法是“假扎穴”，故意把针扎偏（不扎在穴位上）。但是这些做法都无法瞒过扎针的医生，只能做到单盲。而且，在针灸时，往往要通过询问病人是否有酸麻胀痛的“得气”之感才能确定是否扎准了穴位。这种必需的相互交流使得要进行双盲更加困难。
因此，很难像验证新药那样严格地验证针灸的疗效，这就使得不同的临床试验会得出不同的结论。其中研究得最多的是针灸的镇痛效果。例如，美国一项针对570名关节炎患者的研究表明，在使用药物治疗的同时，接受针灸治疗的病人，其缓解疼痛的效果明显好于接受假入针治疗的病人。但是，德国两项分别针对300余名和900多名偏头痛患者的研究却表明，针灸和假扎穴的镇痛效果一样好，而且都和使用镇痛药效果一样好，和是否扎对了穴位没有关系。
我们也可以换个角度，改而研究针灸有可能通过什么样的生理机制发挥其作用。有许多实验表明，针灸能够刺激神经系统分泌内啡肽，这是一种化学结构与吗啡类似的神经肽，有强烈的麻醉、镇痛作用。如果往动物体内注射内啡肽抑制剂，再对动物进行针灸就起不到镇痛的作用。内啡肽还有调节心血管的功能，这可以解释为何针灸对治疗某些心血管疾病似乎也有疗效。
我们现在也有办法直接观察到大脑的活动状态，因此可以实时观察针灸的效果。英国一项研究表明，针灸、假入针（病人不知情）和不入针（病人知情）都能使关节炎病人大脑中与内啡肽有关的部位变得活跃，但是在接受针灸治疗的病人中，大脑还有一个被称为脑岛的部位变得活跃。遗憾的是这个实验没有试验假扎穴的情况，目前也不清楚脑岛与镇痛会有什么关系。
针灸还有许多谜团有待破解，但是有两点已比较清楚：针灸很可能对治疗某些疾病，特别是对镇痛，有一定的效果，但是不像传说的那么神奇，穴位也不那么重要；针灸是通过神经系统发挥作用的，而不是通过其他未知的系统，例如传说的“经络”。
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