脉冲引擎的原理一说是透过核融合反应提供能量，然后透过牛顿力学的冲量原理，将高温、高压的反应后废气往后方排出，使船舰有着向前的动量。在联邦星舰上常加上子空间线圈的配合，减少船舰质量来提高推进的效率。
相似地，《银河飞龙技术手册》则指出脉冲引擎是核融合引擎，其中融合反应器产生出来的电浆透过一巨大的磁线圈来推动船舰。形式上属于一种磁性电浆动力推进器（Magnetoplasmadynamic thruster）。使用上配合曲速引擎来改变船舰的相对论性质量，以达到中至高的次光速速度。另一方面，推进器（thruster）则接近高效率的化学反应火箭，用在需要高精准度的机动动作。