明清时期，是我国针灸医学从成熟而又逐步走向衰落的时期，虽然，这一时期偏重针法的应用，但灸法也有一定的进展。

一、灸法论著明显增多
明代是我国针灸史上重要的文献总结时期。据史料记载及现存的医籍统计，明代以前有关灸疗的专著相对较少。以明代为界，根据《全国中医图书联合目录》、《宋以前医籍考》、《中国医籍考》、《中国医籍通考》、《中国针灸医籍荟粹》等书的考证：明代以前的灸疗书籍，包括史书上有记载但已亡佚了的有：《歧伯灸经》（宋史）、《亡名氏灸经》（隋志）、《曹氏灸方》（隋志）、《曹氏灸经》（隋志）、《雷氏灸经》（新唐志）、《崔氏骨蒸病方》（宋志）。《亡名氏新集明堂灸法》、《杨氏灸经》（崇文总目）、《黄帝灸经明堂》（宋志）、《亡名氏灸经背相》（宋志）。目前现存的灸疗医籍仅有：战国的帛书《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》；敦煌石室医方残卷《新集备急灸经》；唐代《灸法图残卷》、《黄帝明堂灸经》；宋代《膏肓腧穴灸法》、《实验特效灸法》、《备急灸法》、《西方子明堂灸经》；元代《痈疽神妙灸经》、《痈疽神秘灸经》10种。明清两代以清代专著较丰，著有《采艾编》、《太乙神针心法》、《采艾编翼》、《太乙神针附方》、《太乙离火感应神针》、《灸法篡要》、《太乙神针》（范毓[香奇]编）、《仙传神针》、《神灸经纶》。《太乙神针集解》。《传悟灵济录》、《卷怀灸镜》、《太乙神针》（松亭居士传）、《灸法秘传》、《灸法心传》、《太乙神针十六部》、《灸法集验》、《太乙神针》（作者不详，叶圭序跋）、《经验灸法独本》、《延寿针治病穴道图》、《灸法篡要》等21种。此外，还有大量有关论述灸法的篇章，散在于明清两代有关针灸著作或医籍中。如明代著名医家张景岳，在所著《类经图翼·卷十一》中，专门辑录明以前几百个灸疗验方，涉及内、外、妇、儿各科几十种病证。另在《景岳全书》9～36卷所论述各科70余类病证中，有二十类提到针灸疗法，其中涉及灸方的达十五类，并详细论述了灸疗的治疗作用。因此，可以说是对明以前灸疗临床经验的一次总结。明代伟大针灸学家杨继洲，也重视灸疗的研究和实践，强调针灸并重。《针灸大成》第九卷，论述灸疗凡四十一节，内容涉及广泛，有灸疗、取膏肓穴法、相天时、发灸疗及艾灸补泻等，以及灸治各种急慢疾病二十余种。

特别是清代，更可以认为是对我国灸疗法的总结时期。灸疗文献中，较有代表性的为清·咸丰时医家吴亦鼎所撰的《神灸经纶》一书，他在该书引言中指出：“灸疗亦与地并重，而其要在审穴，审得其穴，立可起死回生”，说明灸疗之重要。《神灸经纶》全面总结了清以前有关灸疗的理论和实践，并参合了不少作者本人的临床经验。是一本集大成式的灸疗专著。另如清·廖鸿润的《针灸集成》也收载了大量灸疗的历代文献，予以分类编排，如制艾法一节，就选录了《医学入门》、《医方类聚》、《局方》等多种前人著作的论述。对“发灸疮法”、“疗灸疮法”、“调养法”等都作详细的介绍。

二、施灸方法的不断革新
首先是对传统灸法的改革创新。明清两代医家在继承前人灸法的基础上，又进行了大胆的改革与创新，产生了艾条灸、雷火神针、太乙神针、桃枝灸。桑枝灸、药锭灸等新的灸疗方法。值得一提的是艾条灸疗的创用。此法最早记载于明初朱权之《寿域神方·卷三》，其云：“用纸实卷艾，以纸隔之点穴，于隔纸上用力实按之，待腹内觉热，汗出即差”。这时的艾条灸还是属于实按灸，即艾条隔纸按压于穴位，隔纸仍为减少患者的痛楚，以后又改为悬灸法，即离开皮肤一定距离灸烤，这种方法既宏扬了艾灸之长；又避免了烧灼之苦。同时，凡是艾炷灸的适应证均可以使用艾条灸，它操作简便，疗效颇佳，倍受患者的欢迎，故而一直延用至今。艾条灸出现后，为提高疗效，医家又在艾绒内加入药物，制成卷状，用以灸疗。至嘉靖十八年（1539年）在《神农皇帝真传针灸图》一书中，首次提到 了掺入药品的艾条灸疗。名为火雷针，后又命名为“雷火针”。这是艾条灸的进一步发展。“雷火针”后来又称“雷火神针”，明代的《本草纲目》记载其艾灸的药物组成为：“艾绒一两，沉香、乳香、茵陈、羌活、干姜、穿山甲各三线，麝香少许”。这里所谓的针，其实是灸，因它操作之法类似针法——隔几层纸或布，实按在穴位上之故。艾条灸操作方便，痛苦又较小，且可随意调节热力，故很快得以推广。故《仙传神针》中形容其：“欲求其所以治痛之神与去病之速，莫若针灸。第针砭之法，有用铁针者，有用金石者，有用艾灸灯灼者，种种不一，虽有急救之功，恐伤肌肤，是一痛未除，又增一病，亦非善道，惟有雷火针一法，针即非铁，且不着肉，最为善治”。除此之外，明代还有灯火灸的记载，系指用灯草蘸油点燃直接烧灼穴区肌肤的一种灸疗；也有利用铜镜集聚“光作为施灸热源的“阳燧灸”等。在施灸的方法上，此时又出现一种叫“太乙神针”的掺药艾条灸疗。用法与雷火神针同，但在处方中不用毒性较大的药品，药性平和，适应证也雷火神针广泛。并有《太乙神针心法》（韩贻丰）、《太乙神针》（范毓香奇、周壅和编）等专书出现和流传。清代韩贻丰《太乙神针心法》一书，又在雷火针的基础上，加减了一些药物，称之为“太乙神针”，二者均用于风寒湿痹、寒性腹痛等证。其后，赵学敏又创出了“百发神针”用治偏正头风、漏肩风、鹤膝风、半身不逐、疝气等；“消癖神火针”用治偏食、消瘦，积聚痞块；“阴症散毒针”用治痈疽症等病

其次是创制新的灸疗方法，除了以艾为主的施灸方法之外，明清时期还创出了其它的一些灸法。如“桃枝灸”又名“神火灸”。其用法与“雷火神针”相似，用桃枝蘸麻油点燃后吹灭，乘热垫棉纸三、五层熨灸患处。《本草纲目》记载治心腹冷痛、风寒湿痹。桑枝灸又叫“桑柴火”。“桑枝针”。即用桑枝点燃吹熄用火头灸患处。又自从隋代的《黄帝虾蟆经》主张“辨灸八木法”以来，医家灸病忌松、柏、枳、椐、榆、桑、枣、竹8种木火，认为此8种木火：“皆伤血脉肌肉骨髓”。《外台秘要·卷十九》也明确指出：“凡八木之火，皆不可用也”。而明代医家却独取桑枝用于灸法，以祛风活络、通利关节。《医学入门》用其治发背不起。《本草纲目》用其治阴疮、瘰疬、流注、臁疮、顽疮等。《理瀹骈文续增略言》则用其治风痹。药锭灸则为清代独创的灸法。如清代名医叶天士不仅在湿病学上成就显著，而且在针灸方面也颇有建树，“香硫饼灸”即为他所创。另外，还有《医宗金鉴》的“阳遂锭灸”；赵学敏《本草纲目拾遗》的“硫朱灸”。这3种药锭在制法和功用上都很相似，均以硫黄为主，配以麝香、朱砂以及其他药物而制成。与艾灸不同的是：艾火以其辛香走窜通行十二经，调理五脏六脏，偏于治内，而药锭灸重用硫黄，火燃烟熏以治外为主，对于痈疽肿毒、跌仆损伤、风湿痹痛等症又开拓了新的治疗方法。
另外，明清时期开始注重使用灸疗器械。使用灸器施灸虽可追溯到晋唐，但或采用代用物而非专用灸器，或结构十分简单如苇管等。至明清，逐步出现了专门制作的灸器。明代龚信在《古今医鉴》中以铜钱为灸器，清代李宗先在《针灸易学》中使用了泥钱作灸器。高文晋在《外科图说》中又作了进一步改进，使用了灸板、灸罩；叶天士先是用面碗作灸器，以后制成了专用灸器：“银灸盏”等。现代用的温灸杯、温灸筒、温灸盒等均是在此基础上发展而来的。温灸器的使用与改革，使灸法更为安全、无痛、不会灼伤皮肤，尤其适用于老人、妇女、儿童、体弱者，成为病家所乐于接受的一种治疗方法。
明清时期，随着灸法日益走向民间，也获得不同程度的发展。赵学敏所撰的《串雅外编》一书中，介绍了不少民间灸法，如鸡子灸，其法为“鸡子煮熟，对劈去黄，用半个合毒上，以艾灸”（《串雅外编·卷二》），另如碗灸、麻叶灸、桑木灸等，应视为是对丰富多彩的灸法的一种补充。