此经的内容，是佛为文殊、普贤等十二位菩萨宣说如来圆觉的妙理和观行方法。全经一般分作序、正、流通三分。
初，序分，叙述佛入于神通大光明藏三昧，诸佛众生清净寂灭平等圆满不二所现净土，有文殊师利等十二大菩萨为上首的十万大菩萨众，皆入此三昧，住于如来平等法会。
次，正宗分，叙佛因文殊师利等十二大菩萨次第请问，而依次宣说圆觉的义理和观行，即分十二章，每章先以长行问答说法，后以偈颂重宣其义。其中：
(1)文殊章：是一经的宗趣所在。宣说有大陀罗尼——圆觉法门，流出一切清净真如、菩提、涅盘及波罗蜜。显示佛菩萨的因行果相都不外乎修证本有的圆觉道理。以下各章即说其观行。
(2)普贤章：说示圆觉境界的修行方便，远离一切幻妄境界，知幻即离，离幻即觉。
(3)普眼章：说示修习圆觉，应当正念，远离诸幻，先依奢摩他行，坚持净戒，宴坐静观身心幻垢、人法二空，乃至幻灭垢尽，一切清净，觉性平等不动。[2](4)金刚藏章：说示圆觉本性平等不坏，众生有思惟心，不能测度如来境界，故应先断无始轮回根本。
(5)弥勒章：说示爱欲为轮回根本，一切众生由本贪欲，发挥无明，显出五性差别，依事理二障而现深浅。应发大愿，求善知识，渐断诸障，证大圆觉。
(6)清净慧章：说示圆觉自性本无取证，但于除灭一切幻化修证位中，有凡夫随顺觉性、菩萨未入地者随顺觉性、菩萨已入地者随顺觉性、如来随顺觉性诸位差别。
(7)威德自在章：说示修行的方便，依着众生的根性而有三种差别：奢摩他，三摩钵提，禅那。此三法门若得圆证，即成圆觉。
(8)辩音章：说示单修奢摩他或三摩钵提或禅那一法，乃至或先或后齐修二法乃至三法等二十五种清净定轮的修行方法。
(9)净诸业障章：说示觉性本净，但由众生从无始以来，妄执有我、人、众生、寿命，认四颠倒为实我体，妄生嗔爱，生妄业道，不能入于清净觉海。
(10)普觉章：说示欲求圆觉，应除作、任、止、灭四种病相，以及去除诸病，求证圆觉之道。
(11)圆觉章：说示修行大圆觉者，长期、中期、下期三种安居的方法，以及修习奢摩他、三摩钵提、禅那三观等方便。
(12)贤善首章：说示此经名《大方广圆觉陀罗尼》，亦名《修多罗了义》等五名，并信闻受持此经的功德利益等。