(今陕西西安西北),自己则焚毁宫室,挖开王陵,劫掠人民,致使洛阳方圆200里荒芜凋敝无复人烟。而关东联军惧怕董卓精锐的凉州军的战力,无人敢向关西推进,全都屯兵酸枣(今河南延津北)一带。而曹操认为董卓“焚烧宫室,劫迁天子,海内震动”,应趁机与之决战,遂独自引军西进。曹操行至荥阳汴水(今河南荥阳西南),与董卓大将徐荣交锋,因为士兵数量悬殊,曹操大败,士卒死伤大半,自己也被流矢所伤,幸得堂弟曹洪所救,幸免于难。回至酸枣,曹操建议诸军各据要地,再分兵西入武关(今陕西丹凤东南),围困董卓,关东诸将不肯从。关东诸军名为讨董卓,实际各自心怀鬼胎,意在伺机发展自己势力。不久,诸军之间发生摩擦,相互火拼。联合军至此解散。
初平二年,曹操在东郡大败于毒、白绕、眭固、於扶罗等,袁绍表其为东郡太守。
初平三年,青州黄巾军大获发展,连破兖州郡县,阵斩兖州刺史刘岱。济北相鲍信等人迎曹操出任兖州牧。曹操和鲍信合军进攻黄巾。鲍信战死。曹操“设奇伏,昼夜会战”,终于将黄巾击败。当年冬天,获降卒三十余万,人口百余万。曹操收其精锐,组成军队,号青州兵。又助袁绍打败刘备、单经及陶谦诸军。初平四年春天,曹操在匡亭六百里大追