序:
伊修的重刑犯监狱，是黑色罪恶最深的所在，这里关的，都是些犯下重罪的地方，四周寂静无声，彷佛死城一样，没有任何人，露出一种压抑的气氛；突然，一个刺耳的警报声划破寂静的夜晚，顿时间，一堆**四处奔跑，脸上十分紧张，狱卒也急忙跑到出事的牢狱里。
"不好了，有人越狱了!"狱卒急忙向君莎小姐报备。
"狱里犯行最重的人跑走了，糟糕了!"君莎小姐也是紧张得四处寻找囚犯的下落，打算要再次抓回来。
同时，在外面的守卫也在四处寻找，不放过任何蛛丝马迹；这时有人看到越狱的人往森林跑过去，急忙呼叫其他人追缉。
"三头龙，流星群!"越狱的囚犯放出了他的精灵-----三头龙，并对**及其精灵释放了绝技流星群；一颗能量球发射到天空，并爆炸开来，一道道火球从天而降，击中了所有的**、精灵以及后方的监狱，顿时，监狱发生爆炸，并陷入一片火海。
"哼哼哼....我终于自由了"那人骑在三头龙的背上冷冷的说道，然后头也不回的朝向漆黑的夜晚飞去........."复仇的时间到了"

第一章:重返神奥
"小智、皮卡丘，起床啦!"花子的声音从楼下传到小智的房间，但躺在房间的人只是翻个身继续睡，旁边的皮卡丘也缩成一团。
"真是的，不使出一些手段是不行的了"花子叹口气后说道"十点了，船要开了!"
话一说完，楼上立刻传出一阵骚动，还传出劈哩啪啦的电击声，以及一声惨叫。
"妈妈，为什么没早点叫我啊~"小智急急忙忙的冲下来，皮卡丘也一样慌忙的爬到小智的肩上。
"哈哈，上当了"花子笑道"离开船还有两小时，现在是八点"
"什么吗?吓我一跳"小智说道，但心里松了口气。
"谁叫你从伊修地区回来后，不是在睡觉，就是在战斗"花子说道"所以我才叫你再去神奥探视朋友一下也无访"
"也对，想顺便看看在神奥的朋友过得好不好"小智兴奋的说道。
"好了，快点出发吧"花子提醒小智。
"好，那我出门了""皮卡皮卡!"小智说道，并离开家门，往大木博士研究所的方向跑去。
"路上小心!"彩子喊道。
-----大木博士研究所-----
"博士，我来了"
"喔~小智啊，你又要出发去冒险啦?"大木博士走出门口问道。
"不是，我想回神奥探望在那认识的朋友"小智说道。
"那么，你要携带哪些精灵呢?"博士问道。
"既然回神奥，当然就是要带神奥的精灵了"小智说道。
"喔~那就是烈焰猴、土台龟、裂咬陆鲨、姆克鹰、泳气鼬了"大木博士说道，并拿出五颗精灵球，并交给小智"要注意安全喔"
"是!""皮卡"
"好啦，祝你一路平安"
"知道了"小智说完就转身离开研究所，往港口的方向跑去。
-----港口-----
"皮卡丘，这次到神奥去，我们就去看看以前的朋友吧"小智说道。
"皮卡皮卡~"皮卡丘显得相当兴奋。
"对了，也要去探望小光喔"小智说道。
"皮卡皮卡"皮卡丘兴奋的叫着。
"皮卡丘，你是想早点见到波加曼吧"小智说道，皮卡丘点头。
"我看你是急着见卷卷耳吧"小智窃笑，皮卡丘脸上多出了无奈。
"呜~呜"远方轮船的汽笛声响起，船渐渐使入港口。
"我们走吧，皮卡丘"小智说道"神奥，我们回来了"

中间一段出现的彩子是手误吗？

第二章:最熟悉的伙伴
"波加....."啄攻击一出。
"哇啊......"一个惨叫声传出。
"小光，起床了"彩子的声音从楼下传出。
"....让我多睡一会"小光懒洋洋的说道，并缩进被窝里。
"真是的"彩子说道"小智待会就要到了，你再不起来，小智就要看到小光刚睡醒的样子啦~"
此话一出，小光立刻从床上蹦了起来，并火速梳妆打扮"不行不行，不能让小智看到我的糗样"小光说道。
~几分钟后
"好了，没问题了"小光得意的说道"妈妈，我去港口迎接小智去了"说完便跑向港口。
"真是的，那么心急"彩子望着小光远去的声影说道。
-----港口-----
"波加曼，小智要来了，我们要好好招待他喔"小光抱着波加曼坐在港口的椅子上，等着小智到来。
"波加曼!"波加曼拍了拍自己的胸脯，表示没问题。
"呜呜~"轮船的汽笛声响起，一艘轮船渐渐靠近港口，小智站在船头上看到小光向他挥手的身影，也挥手示意。
"小光，好久不见"小智在下船后，对小光说道。
"是啊，好久不见了"小光说道，并举起左手，小智见过，举起右手，击掌。
"先到我家休息一下吧"小光说道，小智点头，两人便一同到小光家。
两人一路上说说笑笑的，聊着分开后的事情。
"小光，这一年来过得还好吧?"小智问道。
"嗯!"小光脸红的答道"小智你呢?还好吧?"
"那当然啦!好得不得了"小智说道"参加芳缘的华丽大赛结果如何?"
"在最终舞台输掉了，输给了小遥"小光说道"小智那你在伊修地区的联盟赛呢?"
"在最后的比赛输掉，没有夺冠"
"是吗?好可惜喔"
"对了小光，我们如果有机会的话，我们一起去伊修旅行好吗?"小智说道。
"嗯!没问题的~"
"当你说没问题的时候就是最有问题的时候"一个声音说道，智光两人往声音的来源一看，彩子站在家门口看着他们两人"你们还要聊多久呢?"
"阿姨!好久不见!"小智打声招呼。
"好久不见，先进来休息一下吧"彩子说道"休息过后，又要出发了"
"好"小智答道并进入屋内。
神奥的天空，依旧晴朗无比；有一只白龙划过天际，一个绿发青年骑在白龙的背上，观望着神奥的景色。"这里就是神奥啊，我想要四处看看神奥的美丽"绿发青年说道。

第三章:决定路途的对战
"小智这些日子原来又去冒险了啊"彩子说道，皮卡丘跟波加曼在一旁玩耍"看起来又有成长了，哪像我们家小光啊"
"妈妈!!"小光红着脸说道。
"哈哈...好了好了"彩子笑道"小智，待会你又要出发了，可以带小光一起去吗?"
"好啊!这样路上也有个照应"小智说道。
"那我赶快去准备一下"小光说道，并立刻冲到楼上准备行李。
几分钟后，智光两人已经准备出发"阿姨，那我们出发了"小智说道。
"小智啊，小光就拜托你照顾啦~"彩子说道。
"妈妈!"小光脸更红了。
"哈哈.....路上小心"彩子边笑边说道，并看着智光离开家门。
"小智，我问你喔~那时你去伊修的旅行好吗?"小光脸红的问道。
"当然好哇!我可是很强的呢"小智骄傲的说道。
"那......有想到我吗?"小光问到脸更红了。
"想?当然有啦!别忘了我们是最好的朋友嘛~"小智说道。
"唉~笨蛋...."小光说道"看来他还是没开窍"
"喂~两光!!"这时传来一个相当熟悉的声音，两人回头看，小光的青梅竹马-建吾跑向他们。
"建吾!你怎么来了?"小光惊讶的问道。
"小光，你又要跟小智去旅行了啊?"建吾问道
"算是吧~"小光说道。
"小光，为什么我邀请你，你都一直婉拒；小智的邀约，你却答应?"建吾问道。
"这次是我先邀请小光的啊!"小智帮小光解释道。
"既然如此~小智，我要跟你对战，你赢我的话，小光跟你走；如果我赢，小光就要跟我一起旅行"建吾说道，心中充满怒火。
"好~我答应"小智说道。
"小智......"小光担心的说道。
"去吧!帝王拿波"
"皮卡丘，这里交给你了"
"帝王拿波，冲钻攻击"建吾喊道。
"皮卡丘，避开后使出铁尾"小智说道。
皮卡丘避开冲钻攻击的同时，使出了铁尾打在帝王拿波的身上，把它打落地面。
"帝王拿波，高压水泵"建吾喊道，躺在地上的帝王拿波立刻对在空中的皮卡丘使出高压水泵。
"皮卡丘，对准地面用电光一闪"小智喊道；皮卡丘听到后，对地面用电光一闪，躲避掉了高压水泵的攻击。
"皮卡丘，使出十万伏特"小智喊道，皮卡丘使出了十万伏特，击中了帝王拿波，造成很大的伤害。
"可恶~帝王拿波，冲钻攻击"
"皮卡丘，使出你再伊修地区学会的技能吧"小智喊道"电球"!
"皮卡皮卡~丘皮!"一颗电击球聚集在皮卡丘的尾巴上；电球一丢出，直接击中了冲过来的帝王拿波，把它打到失去战斗能力。
"太好了"小光跑过来，并举起左手，小智示意，举起右手，击掌；皮卡丘跟波加曼也跟他们的主人一样击掌。
"可恶....."建吾说道，并走进旁边的树林里。
"小光，那我们出发吧"
"嗯!"
"不过，你认为我们先去哪个城市比较好?"小智问道。
"去白岱市吧，我听说博物馆正好在户外展览有关伊修的喔"
"好!就这么决定了"小智点头答道。
智光两人往白岱市的方向去，但他们似乎没注意到，在另外一边的树林里，有一个人从对战就一直默默的看着他们两人，那人也转身进树林里。
"有一个实力不错的对手了"那人说道......
-----建吾这边-----
"扑通~"一颗石头掉进水里，建吾一个人坐在湖的旁边，心情相当糟糕。
"为什么我老是打不赢小智呢?为什么我老是输他呢?"建吾说道。
"要是有一只能打败小智的精灵的话，小光就能跟我去旅行了；但小光一心只想跟小智在一起，所以我一定要把小智给解决掉，要让他从世界上消失"建吾越说越生气。
"真实，就在那里......"一个声音传到建吾的耳里。
建吾一抬头，一只白龙降落到湖的对岸，一个绿发青年从白龙背上跳下来看着建吾。
"你是谁?"那人问道。
"我叫建吾"建吾说道"你是谁?"
"我叫N..."

第四章:神秘的剑士
前往白岱市的路上，两人说说笑笑，有时碰到训练师时，就进行对战，时而单打，时而双打，每次胜利时两人都会互相击掌。
"小智，今天赢的真精采"小光说道，今天智光两人双打又漂亮的击败对手，皮卡丘跟波加曼高兴的在玩耍。
"是啊，不过...."小智说道。
"不过什么?"
"我一直觉得打的不满足"小智说道"我很想打一些实力很强的训练师"
"或许你到时去找真司或纯的时候可以对战啊"小光提议道。
"嗯!一定会的"小智说道。
两人又走了一段路；过了不久，他们抵达白岱市，就如小光说的，博物馆正在展出有关伊修的文物。
"小光，走吧!"小智说道，小光脸红的点头。
"喂!小智、小光"一个声音喊道，两人一看，纯在博物馆门口向他们挥手。
"纯，好久不见了!"小智说道。
"真是的，小智你回来也不跟我说，罚钱啦"纯说道。
智光汗颜...."纯你还是没变啊"小光说道。
"你们在这里做什么?"另一个声音问道，三人往声音的来源一看，他们相当熟悉的劲敌-----真司也来了。
"真司，好久不见"小智说道。
"想必你一定想再跟我对战吧"真司完全不理会问好"希望你有比上次更强"
"当然有比上次更强啦"小智说道。
"好!到时让我看看你的实力"真司说道。
"到时我才是赢家，我才是"纯抓狂的说道。
"到时来一决胜负"小智说道。
"我期待跟你们的对决"真司说完，便进入博物馆内。
"喂!真司等等我"纯说道，并追了过去。
"我们也去吧"小智说道，并拉着小光的手进入展场....
展场内，陈列了许多文物，智光两人在馆内看着展览，小智也稍微帮小光解说一下有关伊修的事物。
"小智，没想到你也懂得蛮多的"小光惊讶的说道。
"我只是稍微懂一点而已"小智谦虚的说道。
这时，远处发出一阵喧哗，智光两人前去观探，只见纯跟真司好像在跟别人争吵。
"真司、纯，怎么回事?"小智问道。
"就是那两个人啦"纯说道，并指着他们前方穿着奇装异服的两个人"他们再说一些有的没的事情"
"你们完全不为精灵们着想"那两人其中之一说道"如果为他们好，就应该还他们自由才对"
"你们错了~"这时，有一个人走了过来，智光一看那人，他穿着盔甲，要上配有一把剑，头上挂着护目镜"人对精灵们的好不一定只是还他们自由"
"你少来碍事"那两人说道，并放出两只精灵"上吧!爱心蝠"


"什么?"除小智跟那名剑士外，其余人都非常惊讶"那是什么精灵?"
"是伊修地区的精灵"小智说道"但是为什么....."
只见那名剑士也放出了一只精灵---裂咬陆鲨。
"爱心蝠，空气切割"那两人同时喊道。
"裂咬陆鲨，石刃"剑士说道。
空气切割击中石刃，爆出一阵烟雾，但石刃却似乎不受影响冲出烟雾，击中了两只爱心蝠，把它们打到失去战斗能力。
"可恶啊~"那两人收回精灵后，一溜烟就跑得不见踪影。
"好厉害!"小智等人惊讶说道。
剑士在那两人走后，也收回精灵，转身离开博物馆。
"等一下"小智等人喊道，并追上剑士。
"那个....刚刚谢谢你的帮忙"纯说道。
"举手之劳而已"剑士说道。
"喔~我叫小智，这是我的搭挡皮卡丘"
"皮卡丘!"
"我叫小光"
"我可是神奥最厉害的训练家~纯啦"
"我叫真司"
"我的名字叫做太一"剑士说道。
"太一先生，我想要跟你决斗"这时，真司提出了对战的要求。
"我也要，我也要"纯也兴奋说道。
"既然如此，我也要向太一先生对战"小智说道。
"这样太突然了吧!"小光惊讶说道。
"好~我接受挑战"太一说道。
"太好了!"纯兴奋喊道。
"既然有三位训练师，那么你们一起上吧"太一说道。
"同时跟三位打?"小光惊讶道。
"有意思，我接受"小智说道，真司跟纯点头。
"好!"
-----建吾这边-----
"原来这只精灵是神啊"建吾与N边走边谈论，他们正在前往白岱市的路上。
"是啊，他选上了我"N答道。
"那这只的实力应该很强吧?"建吾探问道，N点头。
"好...既然是神，那么我就要把它抢过来，然后把小光得到手"建吾想道。
"那么，就对他抱歉啦...."

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第五章:三战剑士
小智一行人到了一个空旷的场地，太一先环顾四周的地形后，转身面对小智等人。
"来吧，派出你们的精灵吧"太一说道。
"好，去吧~烈焰猴!"
"电击魔兽，上阵!"
"帝王拿波~GO!"
"小智，加油啊!"小光喊道。
"皮卡皮!""波加加"
"出来吧，双斧战龙!"太一放出了精灵----双斧战龙。
"什么?来自伊修的精灵吗?"小智说道。
"管它来自哪里，只要把它打倒就行了"纯说道"帝王拿波，冲钻!"
"电击魔兽，雷光掌!"
"烈焰猴，音速拳!"
三只精灵冲向双斧战龙。
"往后移动后使出瓦割"双斧战龙稍微往后跃动后，使出了瓦割迎击三招，四招撞击在一起时，爆出激烈的火花。
"什么?"真司震惊说道"竟然不相上下!"
"三打一打不过的话，罚钱啦"纯暴躁的说道
"好厉害!"小智说道"明明我们战优势的"
"加油啊!!"小光喊道。
这时建吾与N正好就在附近，建吾看到小光卖力的为小智加油，心里的怒火再度燃起。
"可恶啊~"建吾想道。
"我们到一旁看对战吧"N说道。
两人到场地一旁的树丛看着，建吾心中在盘算着计划。
"烈焰猴，喷射火焰"小智喊道。
"避开后用龙之舞"太一喊道，双斧战龙跳跃起来，在半空中使出龙之舞。
"烈焰猴，用挖洞"小智喊道，烈焰猴快速钻入地下。
"趁现在~电击魔兽，打雷"真司喊道。
"就这样对准打雷使出瓦割"太一说道，在半空中的双斧战龙对准打雷使出瓦割；顿时，打雷被劈成两半，并且瓦割一路劈下来，要直击电击魔兽。
"帝王拿波，水电炮"纯喊道，帝王拿波算准双斧战龙落下来的位置，发射水电炮，打算藉由打雷增加威力。
"用尾巴打掉水电炮"太一说道，双斧战龙摆动了尾巴，打回了水电炮，并且瓦割击中了电击魔兽的同时，水电炮也击中帝王拿波。
"烈焰猴，趁现在"小智喊道，烈焰猴从双斧战龙背后跑出，顺势要发动攻击。
"音速拳!"
"用龙之怒!"太一喊道，烈焰猴音速拳冲过来时，双斧战龙身体一侧闪，不只回避掉攻击，同时用龙之怒把烈焰猴击飞。
"好强啊!"小智震惊道。
"完全无法伤到它"真司也非常震惊"实力、技术都非常高"
"这完全无法打败它嘛!，罚钱罚钱啦"纯不高兴的大声让让。


"那么我们三个同时出招"小智说道，另外两人点头。
"音速拳!""瓦割!""钢翼!"三人同时出招，三只精灵同时从三个角发动攻击，攻像正中心的双斧战龙。
"这次一定行!"小光期待的说道
太一这时突然手握着剑柄，等着三只精灵同时攻像双斧战龙。
当三只相当靠近的时候，这时太一拔出剑来，那把剑的剑身相当锋利，而且散发出光亮。
"跟着我的动作使出逆鳞!"太一喊道。
双斧战龙使出逆鳞，尾巴一甩，同时打掉三招的攻击。
"那我们连续出招"小智喊道。
烈焰猴、电击魔兽、帝王拿波同时连续使出音速拳、瓦割、钢翼，全力猛攻，但双斧战龙的动作因为使出过龙之舞，搭配上太一下达的指令:太一挥剑，它就挥动牙齿攻击，剑往前刺，爪子就往前攻击......整个动作行云流水。
"什么?还有这样的方法?"大家都非常震惊。
"同时把三只打倒吧!"太一喊道，剑往前奋力一挥；双斧战龙全力发出一波最强力的逆鳞，同时击中三只，把他们打倒在地失去战斗能力。
"不会吧，太厉害了"小光震惊道。
"这是一场很好的比赛"太一说道。
"我们完全无法伤到"纯气馁的说道。
"我们的实力还插上一截呢"小智说道，真司则沉默不语。
"你们都是有实力的训练师，你们都有机会赢我的"太一说道。
在一旁的N看着他们的对战"好厉害的对战啊"
"是啊，不过应该再也看不到了"建吾说道。
"什么意思?"N觉得疑惑，回头看建吾，但只见一个光影闪过后，N倒地不起。
"不好意思了"建吾说道，并拿起一颗精灵球。
"出来吧"建吾放出了白龙。
"我选上的人呢?"白龙问他。
"他被杀了"建吾说道，并拿出一张智光的照片"而且凶手就是他们两个"
白龙听到消息后，相当愤怒"我会把他们消灭"
"让我帮助你吧"建吾说道"帮助你消灭他们"
白龙想了许久，慢慢的点头答应。
"哼哼哼.....小智，我一定会把小光抢过来的"

第六章:神之怒火
"你们的精灵恢复健康了"神奇宝贝中心里，乔伊拿着刚治愈好的精灵球出来。
"谢谢你，乔伊小姐"小智说道，拿起烈焰猴的精灵球。
"太一先生，你是从哪里来的?"小光问道"你的家乡在哪里?"
"我来自一个神秘的村子，在那里有着传说中的......"
"不好了，有人受伤了"外面有人喊道，打断了太一的话语，众人往门口的方向看过去，外面担架抬进来满身血的伤员。
"不会吧!N!"小智惊讶道，并跑向担架，众人也跟上。
"N，振作点!"小智喊道，但N并没反应"快让开，他需要急救"医护人员说道，众人看着担架进入手术室。
"小智，你认识他?"小光问道。
"嗯!他是很厉害的训练师，他同时也是被神选上的人"小智说道。
"神?"众人惊讶道(除了太一)
小智正要说时，外面传来一声嘶吼的声音，众人急忙跑到外面看，一只白龙往白岱市飞过来，眼神相当愤怒。
"那只是什么??"纯震惊道。
"那只是......"小智说道".........雷希拉姆"
"雷希拉姆....."太一也震惊的说道"为什么它来了?"
"雷希拉姆?"小光问道。
"来自伊修的神，代表着真实"小智说道。
雷希拉姆看到小光，愤怒的大吼一声，像小光使出了破坏死光。
"小光，危险!"小智喊道，并将小光扑倒，让她免于击中，其他人也赶紧避开。
"小智!"小光脸红的说道；小智点头，表示不要紧。
"为什么对我们发动攻击?"纯说道"我们什么事也没做啊"
"我不知道啊"小智喊道"但它对我们发动攻击，我们必须保护城市跟大家"
"既然是在城市战斗，三头龙、裂咬陆鲨、"太一喊道，放出了精灵，并坐在三头龙背上。
"龙王蝎、电击魔兽，上阵!"
"帝王拿波、沙瓦郎，GO!"
"卷卷耳、波加曼，交给你们了"
"姆克鹰、皮卡丘，拜托了"小智等人也放出精灵迎击。
雷希拉姆四周是小智等人的精灵，要与雷希拉姆对战。
"龙王蝎，飞弹针"真司率先攻击，飞弹针往雷希拉姆攻击过去，后者高速飞行，轻易躲避了攻击。
"卷卷耳，急冻光线；波加曼，泡沫光线"小光喊道，波加曼对雷希拉姆使出泡沫光线，急冻光线冰冻泡泡，往雷希拉姆攻击过去。
雷希拉姆更加愤怒，尾巴的部分发出了红色的光，前方聚集了一颗火球。
"不好，小光快跑!"小智喊道，并急忙冲向小光。
雷希拉姆一发射火球，四周飞行的精灵都被强烈的火球冲开，交叉烈焰往小光的方向发射，炽热的火球将一旁的建筑物都燃烧起来。