结局就是失落千年在这一次战役中失败了，而Fractale系统重新启动了。
战役虽然失败了，但战争本身并没有完全失败。摧毁了寺院，也就一定程度上组织了世界的下一次再生，人类可以用这段时间来逐渐反省并完善自己，这比瞬间脱离系统要好。
另一方面，克雷恩在最后跟着奈纱以及芙流妮到了世界的顶端，神重生的地方，他明白此刻他别无选择，他的目标是【三个人永远在一起】，所以即便世界重启了，他的目标也不一定就会被影响。而失落千年的目标是【让人类像个人一样的活下去】，所以即便没有在这次战役中没有摧毁系统，也一定程度上改变了大局，脱离了寺院的统治，给人类带来了希望。
所以最后克雷恩让神的灵魂与肉体结合，带到家里面等待其苏醒。而失落千年也开始了自给自足的生活，人类世界一定程度上受到了更改。这种感觉就好像是系统还在，但幕后黑手不在了，人性里的自然成分最终会苏醒的，一切只是时间问题。
在影片的结尾，芙流妮/奈纱醒来了，因为说话语气很像奈纱，所以克雷恩一开始很绝望，觉得自己爱的芙流妮就此消失了。但后来她说了“谢谢”，也就让克雷恩认识到其实芙流妮还在。关于这一点，我们可以理解为灵魂与意识的重新分配。
奈纱本身有一个“自我”一个“本我”，一个潜意识里的人格，而由此进化出一个行为人格。
而芙流妮也是，同时具有潜意识人格与行为人格。
那么新生的芙流妮/奈纱，则是将两人的潜意识融合，并重新进化出一个新的人格。这个表层的行为人格不是奈纱也不是芙流妮，但则是由这两个灵魂合体生成的新生人格。所以这个人格会对“奈纱”“芙流妮”的名字做出反应，却不知道自己到底是哪个。就好像有人叫你幼年时的小名，你觉得很熟悉但不会觉得这就是自己。
这就是新生的芙流妮/奈纱。而说出来的最后那几句话，大概也是因为潜意识里没有说完的话，并对剧情有一个交代。
而新生的芙流妮/奈纱不应该就因此被认定为双重人格，而应该被理解为一种新生的融合潜意识人格。
这个结局我很喜欢。感觉比前几集精彩很多。带个人不少思考。并且给非黑即白的动画观众上了一课：对于很多问题，我们的答案不应该是成功或者失败，生存或者死亡。毁灭了寺院，系统却还在，这未尝不是对当前问题最好的解决方法。好人死了，坏人也死了，克雷恩得意如愿以偿的继续幸福的生活。人类在进步。每个人都在这场战争中学到了最宝贵的一课。
总结而言，生命与世界的答案并不像我们想的那样直观，有的时候得不到我们想要的东西也未必是坏事。就这一点而言，Fractale明显比大部分当代动画更为深刻，也是一部不在主流之中的神作。如果看完以上内容仍然有人觉得这部作品烂尾了，那我只能说你的理解不够准确，或者你确实无法欣赏这部作品。
每个人都有不同的品味跟爱好，个人而言，我很喜欢这部作品，也觉得它很成功。